中国依靠要素投入与需求刺激的经济增长模式,已经受到资源、环境和劳动力成本上升等多重因素制约。未来以全要素生产率提高,作为中国经济增长的新动力,将成为必然和最优选择。基于对中国现实问题的观察发现：(1)中国的全要素生产率水平与发达国家相比,存在较大差距；(2)在中国渐进式的市场化改革进程中,要素市场化改革远远滞后于产品市场化改革；(3)中国企业研发创新动力严重不足。与发达经济体中市场不完备所导致的全要素生产率损失不同,中国要素市场化改革滞后是要素错配形成的直接原因,并形成企业进入与退出市场障碍和研发投资决策扭曲,又进一步加大要素错配程度、对全要素生产率损失形成放大效应。因此,本文聚焦中国全要素生产率损失根本问题,试图从导致这一问题的关键原因要素错配入手,深入到企业研发投资决策和市场进入与退出行为分析,对中国全要素生产率损失进行估计并揭示其微观形成机理,寻求提高中国全要素生产率的路径和政策着力点。首先,从中国要素市场化改革滞后所导致的要素市场扭曲出发,深入到微观企业决策行为分析,构建了用于解释中国全要素生产率损失的理论模型,为全文提供了理论分析基础和框架。该理论模型在一个异质性企业垄断竞争的分析框架下,通过引入要素市场扭曲与企业研发决策,在分析企业决策行为的基础上,求解了一般均衡状态下宏观加总层面的全要素生产率。通过与不存在要素市场扭曲下的均衡状态进行比较,文章揭示了全要素生产率损失的三个微观渠道：第一,在位企业间的要素错配。理论分析的结果显示,均衡状态下的加总全要素生产率,不仅取决于单个企业的全要素生产率,而且与企业面临的要素市场扭曲程度有关。在位企业间的要素错配,表现为边际收入产品在企业间的离散化分布,如果要素投入能够从边际收入产品较低的企业,流向边际收入产品较高的企业,将带来加总全要素生产率与总产出的提高；第二,企业进入与退出的扭曲。分析企业进入与退出决策中,企业生产率临界值与要素市场扭曲的关系发现,面临补贴性扭曲的企业,即使自身生产率水平较低,也可能存活于市场,出现所谓的“僵尸企业”。而面临征税性扭曲的企业,即使生产率水平较高,也可能被迫退出市场,出现所谓的“影子企业”；第三,企业研发决策的扭曲。要素市场扭曲,可能导致一部分高生产率的企业退出研发,而一些低生产率的企业从事研发,降低了研发投资的整体效率,带来全要素生产率损失。更重要地是,在一个不存在要素市场扭曲的经济体中,企业通过研发投资,不仅能够提高自身的生产率水平,而且可以迫使低生产率企业退出市场,实现生产要素从非研发企业向研发企业转移,带来全要素生产率提高；因此,企业研发决策行为的扭曲,可能通过相反的过程,进一步放大全要素生产率损失的程度。由于这一研究引入了企业研发决策并考虑企业的进入与退出行为分析：第一,可以捕捉到由于企业研发、以及进入与退出市场,所导致的企业生产率分布的变化,以及对宏观加总层面的全要素生产率影响,使企业的生产率分布部分内生化；第二,该理论模型同时刻画了,在位企业与进入、退出企业之间的要素错配,而不是局限于目前广泛研究的在位企业间的要素错配,拓宽了要素错配的内涵。本文的理论分析与建模,通过对中国现实问题的把握——抓住中国企业研发创新动力不足这一特征,弥补了现有关于要素错配与全要素生产率方面理论研究,缺乏对中国现实问题刻画的不足。同时,通过深入到企业研发投资决策和市场进入与退出行为的分析,强化了全要素生产率损失的微观基础,为更深刻地理解全要素生产率损失的微观渠道提供理论洞见。其次,在所构建的理论模型框架下,使用大样本微观企业数据,克服了一系列数据处理与测量方面的问题,并识别了中国全要素生产率变动的微观渠道,为理论模型提供重要的实证支撑。为了将理论模型应用于分析中国全要素生产率损失的实际问题,首先分析了中国要素错配形成的原因,以及企业研发投资特征。从金融低效与政府干预两个视角,验证了要素错配的存在性,并发现要素错配是我国研发企业比例低、研发行为不稳定,以及国有企业主导研发等特征形成的重要原因。其次,通过全要素生产率分解,识别了中国全要素生产率变动的微观渠道,发现：企业生产率提高占主导,而企业间要素再配置与企业进入与退出,对全要素生产率提高的贡献较少。进一步的实证检验发现：虽然企业研发投资,提高了企业所在行业的生产率临界值、迫使低生产率企业退出行业,并且实现了生产要素从非创新企业向创新企业转移；但在行业层面来看,企业研发创新并没有构成推动中国制造业部门生产率提高的决定性因素。据此推测,要素市场扭曲下,企业间要素再配置、企业进入退出的渠道可能不畅通。因此,企业创新决策行为的扭曲,可能会放大要素错配下的全要素生产率损失。最后,在全要生产率分解结果的基础上,定量测算了中国制造业部门潜在的全要素生产率损失。以企业要素投入的边际产品价值与边际成本的偏离程度,作为衡量要素错配的依据,验证了中国制造业部门存在严重要素错配的事实。通过构建反事实与近似方法,估算结果表明：中国制造业部门的全要素生产率损失,在样本期间达到了年平均8.35%；其中,资本错配与劳动错配导致的全要素生产率损失分别为5.60%与2.75%；文章的政策含义十分明确,即：迫切需要将全要素生产率提高,作为中国未来经济改革的主要目标；实现这一目标的关键,在于引导并激励企业开展研发创新；而这一切的前提是,加快要素市场化改革,提高要素配置效率。