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我国西南部是茶树(Camellia sinensis(L.)O.Kuntze)的起源中心,孕育了丰富的茶树种质资源,为我们进行茶树品种选育和生物技术研究提供了坚实的物质基础。近年来发展起来的SSR(简单重复序列)和ISSR(简单重复序列间隔区)技术能够直接从DNA水平反映材料间的遗传差异,方法简便快捷,是研究生物遗传多样性的有力工具。本文采用SSR和ISSR技术对原产四川及从福建、台湾、浙江、贵州、湖南、广州、安徽、海南引进四川的34份茶树栽培种质资源和3份野生茶树资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,结果表明:1.SSR最佳反应体系为:25ul反应体系中含15ng模板DNA,12.5ul 2×Master Mix,上、下游引物各0.5umol/L,9ul ddH2O;最佳扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,52℃或60℃退火30s,72℃延伸90s,35个循环,最后72℃延伸7min。ISSR反应的最佳反应体系为:25ul反应体系中含20ng模板DNA,0.6umol/L引物,0.24mmol/L dNTPs,2.0mmol/LMgCl2,1.75U Taq聚合酶,1×PCR缓冲液;最佳扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,52℃或60℃退火1min,72℃延伸1min,41个循环,最后72℃延伸7min。在各自的反应体系下,均可获得清晰条带。2.从21对SSR引物中筛选出8对SSR引物对37份供试材料扩增,共扩增出93条多态性条带,占总条带的93%。SSR引物扩增的平均多态性条带数、平均多态性百分比(%)、PIC分别为11.63、92.3、0.91,平均特异谱带22.38个;每个品种扩增出多态性条带数26~45,平均为:36.41,平均多态性百分比(%)为83.68;基于SSR标记的供试品种间的遗传相似系数介于0.490~0.880,平均为0.699。从DNA分子水平显示出供试材料间存在着丰富的遗传多样性。从89条ISSR引物中筛选出14条ISSR引物在37份供试材料共扩增出146条多态性条带,占总条带的94.81%。ISSR引物扩增的平均多态性条带数、平均多态性百分比(%)、PIC分别为10.43、95.19、0.89,平均特异谱带13.93个;每个品种扩增出多态性条带数37~76,平均为:57.97,平均多态性百分比(%)为87.63;基于ISSR标记的供试品种间的遗传相似系数介于0.519~0.851,平均为0.689,显示出供试材料间存在着丰富的遗传多样性。3.基于SSR标记,在遗传相似系数为0.676时,供试品种中的37份材料聚成2个大类群和3个独立组。SSR聚类结果与茶树种质资源的来源和适制性有关,适制性相同的来自福建和台湾的大部分乌龙茶聚为了一类,来源地不同的一些红绿兼制、红茶和绿茶品种也分别聚在了一起。基于ISSR标记,在相似系数为0.658时,供试的37份材料聚成2个大类群和1个独立组。ISSR与SSR分析得出的结果相一致。4.引物SSR8和ISSR12扩增的DNA指纹图谱,可以鉴定所有的供试材料。表明SSR和ISSR技术进行茶树品种分子鉴别的可行性。