家犬(Canis familiaris)的驯化研究一直是遗传学研究中的热点,由于其与人类经过上万年形成的密切关系,家犬一直备受国内外生物学者的重视。从被驯化开始,家犬从行为、食性、外型等方面表现出了和其祖先灰狼(Canis lupus)较大的差异,品种化过程进一步丰富了家犬的表型。家犬是人类研究家养动物的驯化过程、理解各种表型的遗传基础、与人类共同疾病的形成原因、甚至是自身的进化过程的绝佳遗传学研究材料。第一章主要对家犬驯化研究工作进行了介绍,范围覆盖了家犬起源、家犬二段式驯化、品种犬丰富的表型及疾病研究。并在现有研究的基础上提出了两个本论文要探讨及解决的问题。一、我们通过分析家犬在东亚、中东、欧洲地区的系统地理结构,从而研究家犬早期在欧亚地区的扩散方式；二、近年来,家犬/灰狼重测序数据呈增长态势。丰富的数据,给了我们弥补家犬单核苷酸多态性(SNP)参考集(dbSNP139)缺陷的契机,也对如何合理的组织运用大量的家犬、灰狼重测序数据向我们提出了要求,因此,我们构建了第一个家犬/灰狼SNP数据库。第二章主要通过分析品种犬在东亚、中东、欧洲地区的系统地理结构来探讨家犬的扩散问题。在目前的家犬驯化研究中,对于家犬在东亚起源后,如何在世界范围内扩散的问题还没有较为清晰的回答,唯有一个前期的全基因组SNP研究表明,品种犬在东亚、中东、欧洲地区有清晰的系统地理结构。该结构可能暗示着家犬是以有遗传差异的群体为基础扩散到各地的,为了检验这个假设,我们分析了上述三地品种犬的线粒体控制区及Y染色体的非重组区的系统地理结构。结果表明这三个地区的品种犬在父系及母系遗传上有很高遗传相似性,缺乏清晰的系统地理结构。这个结果可能是由于单亲遗传标记缺乏选择信号、辨析度较低造成的,也说明了这三个地区品种犬的祖先即土狗存在着基因交流。第三章主要介绍了第一个家犬SNP数据库(DoGSD:http://dogsd.big.ac.cn).家犬SNP参考集是家犬遗传学研究中广泛运用的基础数据集,但是目前的参考数据集(dbSNP139),存在着数量少、测序及采样覆盖度偏差大、用户界面不够友好等缺陷。随着二代测序技术的进步,家犬、灰狼的全基因组重测序数据在近几年来呈增长态势,为了更加合理的组织管理日益增加的家犬、灰狼重测序数据、弥补现有家犬SNP参考数据集的缺陷及减少用户处理二代测序数据的计算资源花费,我们构建了第一个家犬全基因组SNP数据库。该数据库提供了高质量、高密度的SNP数据集、友好的用户界面及两个重要的遗传学参数,为家犬的种内及种上遗传学分析等提供了高质量的数据平台。