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水稻是世界上最重要的粮食作物之一，世界上半数以上的人口以水稻为主食，大多数水稻重要农艺性状如产量、品质、抗逆性等多为数量性状，因此对数量性状基因位点（QTLs）准确定位分析在水稻遗传改良上具有重要意义。尤其是利用全基因组完成测序的材料进行数量性状研究，为进一步开展QIL功能解析打下基础，本研究选用两个测序水稻品种“培矮64S和日本晴”，配制杂交组合“培矮64S／日本晴”F1构建重组自交系群体“F2：6330个株系”，并对RIL群体进行评价，用该群体构建了一张SSR标记连锁图谱“简称F6图谱”，将该图分别与相同组合F2群体图谱和日本晴序列图比，分析分离标记的概况，并对分蘖数、穗数、株高等3个性状进行了QTL分析，其主要结果如下： 1．利用杂交组合“培矮64S／日本晴”F1建立重组自交系（RIL）群体，分别在四川和海南种植；F2、F4、F6在四川温江种植，F1、F3、F5在海南凌水种植，最后得330个F2：6株系。重组自交系RIL群体性状评检测评价结果为；分蘖数、穗数、株高3类性状纯合度分别为60.61％、90％、50.61％，分子标记评价结果为；RIL群体纯合度为96.03％，杂合度为3.97％。 2．选用515对SSR引物对双亲培矮64S和日本晴间进行多态性检测，有157对引物在双亲间表现明显多态性，多态性频率为30.48％，以此构建了包含92个标记的连锁图“简称F6图谱”，该图谱包含17个连锁群，覆盖基因组2563.5cM，标记间平均距离27.86cM。 3．本图谱分别与F2图谱进行比较，两图在连锁群、标记定位数、标记顺序、总基因组长度、标记平均距离等都存在差异。进一步与日本睛序列图比较，92个标记有74个标记能确定在基因组序列图上，有18个标记未能在序列图找到相应的位置，74个标记覆盖的物理距离为159.8Mb，标记间平均物理距离为2159.46kb。 4．在RIL群体中偏分离标记较多；定位在F6图谱有63个分子标记表现偏分离（P＜0.05），占定位标记数的68.48％，这些偏分离标记中有60个偏向母本培矮64S，只有3个标记偏向父本日本晴；另外还有65个未定位标记，其中27个标记偏分离、38个正常分离。 5．F6图上10条染色体上共分布了60个偏分离标记，占偏分离标记的95.24％，这些标记以成簇的形式分布在染色体，形成偏分离的热点区，分别命名为：