基于高通量测序的中国汉族女性乳腺癌BRCA1/2胚系突变检测

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研究背景及目的乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤之一,严重威胁着每一位女性的身心健康以及生活质量。近年来欧美国家乳腺癌的发病率和死亡率有所降低,主要是通过对乳腺癌高危人群进行筛查达到早期发现从而采取相应的预防和治疗措施。然而在中国,随着国民经济的发展以及人们生活水平的不断提高,乳腺癌发病率明显上升,尤其是在一些经济较为发达的地区和城市,如北京、上海、广州等,乳腺癌发病率已经跃居到女性恶性肿瘤的第一位。乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2是目前已经证实与乳腺癌发病相关的最重要的两个基因。BRCA1和BRCA2是两个重要的抑癌基因,正常情况下参与DNA修复,维护基因组的完整,最终对肿瘤细胞的产生起负调节作用。当这两个基因发生突变时,细胞因失去正常调节作用而异常生长,最终导致肿瘤形成。对BRCA1/2基因突变与乳腺癌的研究显示,携带BRCA1/2基因突变的人在70岁前终生患乳腺癌的预测累积风险大约可达到80%;同时容易早年发病。因此对合适的高危人群进行BRJCA1/2基因的突变筛查可对乳腺癌进行早期诊断、早期预防以及早期治疗,从而降低乳腺癌的发病率与死亡率。目前BRCA1/2基因检测面临基因庞大,突变分布于整个编码区,且无热点突变等难题,而高通量测序(Next-generation sequencing,NGS)由于具有高通量、高准确性、高灵敏度、低运行成本以及可检测多种突变类型等优点,因此在检测BRCA1/2突变中具有巨大的潜力和优势。本研究拟通过对中国汉族女性乳腺癌BRCA1/2基因突变进行研究,进一步完善中国人群BRCA1/2基因突变谱,确定携带BRCA1/2基因突变的乳腺癌的高危人群,为制定中国妇女乳腺癌的遗传筛查指南奠定数据基础。研究方法选取来自山东、重庆、广州三个不同省份的汉族乳腺癌病人595例,按照其临床信息分为高风险与低风险组。静脉抽取全部受试者外周血,提取基因组DNA后,应用高通量测序技术对BRCA1/2基因编码区进行基因检测,发现致病性突变后用一代测序进行验证。对于意义不明突变使用PolyPhen-2与SIFT两个软件来预测其对蛋白质功能的影响。结果:1、595例乳腺癌患者的BRCA1/2基因检测中,共有48例病人携带有致病性突变,研究人群中BRCA1/2基因总的突变频率为8.07%,其中高风险组病人的BRCA1/2总突变频率高于低风险组(11.33%vs 4.07%),差异具有统计学意义(p<0.05)。2、本研究共发现42个BRCA1/2突变,其中17个为BRCA1突变,25个为BRCA2突变,BRCA2突变在中国汉族人群中发生频率更高(62.5%)。17个BRCA1突变中11个位于10号外显子,25个BRCA2突变中10个位于11号外显子上。3、19个突变位点为首次发现,在BIC数据库以及文献中均无相关报导。4、本研究于6个相互独立的乳腺癌病人中检测到中国人群的“founder mutation”:c.3109C>T。在另2个没有亲缘关系的病人中重复检测到c.94009400delG。5、对78个意义不明突变的功能预测发现其中9个可能为BRCA1/2基 因的致病性突变。6、比较不同风险因素组中高风险病人与低风险病人的BRCA1/2突变情况发现家族性乳腺癌病人、早发性乳腺癌病人以及三阴性乳腺癌病人的BRCA1/2突变频率都比其组内的低风险病人高,且差异都具有统计学意义(p<0.05)。7、13例携带致病性突变的三阴性乳腺癌病人中,10例(76.92%)为BRCA1突变,8例携带突变的家族性乳腺癌病人中,6例(75%)为BRCA2突变,9例早发性乳腺癌突变病人中,7例(77.78%)为BRCA2突变。8、通过对致病性突变的一代测序验证,发现高通量测序技术检测突变的准确率可达到100%。结论:1、发病年龄大于35岁、家族性乳腺癌以及三阴性乳腺癌都是BRCA1/2的高风险人群,需要进行BRCA1/2基因检测。且三阴性乳腺癌主要与BRCA1基因突变有关,家族性乳腺癌以及早发性乳腺癌可能主要与BRCA2基因突变有关。2、针对BRRCA1的10号外显子,BRCA2的1 1号外显子以及“founder mutation”可设计快速筛查方法,对检测阴性者再进行全基因检测,可以显著提高检测效率,同时降低检测成本。3、与高加索人群相比,中国人群的BRCA1/2突变有共有的特征也有其自身特点。4、研究表明,高通量测序作为一种快速、高通量以及低运行成本的检测方法,在BRCA1/2突变分析中显示了巨大的优越性及可行性。
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