现阶段,新农合在基金风险管理方面存在着诸多的风险问题,主要表现为新农合医疗费用支出不科学,补偿方案的规划不够合理,新农合基金被随意挪用或者占用等。所以,应注重加强对新农合基金风险管理中的预警体系建设,该体系对于规避防范风险具有重要作用,它能够保障基金安全正常的运行,促进基金的有效管理。本文分析了新农合基金风险存在的防范规避问题,主要从征缴过程的风险,支付中的风险以及结存中的风险这三方面展开系统全面的论述,全面分析新农合基金管理中各环节存在的可能性风险。并在此基础上,将量化与非量化指标有机结合,建立科学有效的新农合基金风险管理预警指标体系,并提出了新型农村合作医疗基金风险管理预警体系构建思路,以及构建科学有效预警体系的对策建议,为构建系统的基金风险管理预警系统奠定了一定的理论基础。