高新技术代表着未来技术和产业发展的方向,它不仅会带来科学技术的快速发展,而且会造成全球性的产业结构的根本变化,促进生产力迅速发展。高新技术企业是技术创新活动中很重要的载体,在促进国家和地区研发创新、技术进步、促进产业结构升级和提高劳动生产率和经济效益方面有着无可替代的作用。研发创新是实现中国高新技术企业进步和技术突破的关键,但不是所有的研发创新活动都会取得预期的研发成果和经济效益,这是因为研发创新资源的投入在研发创新过程中没有得到充分利用和合理配置,所以研究高新技术企业研发创新效率的差异,并分析政府扶持对于研发创新效率的影响,对未来高新技术企业的发展有着重要的意义。研发溢出效应和空间异质性使得政府研发补贴与研发效率之间的关系变得复杂。本文基于空间异质性视角,应用空间计量模型和面板门槛模型考察了2000-2014年我国政府研发补贴和研发效率之间的关系。模型估计结果显示：研发效率的分布不是随机的。政府研发补贴显著的促进研发效率,可是当政府研发补贴跨过一个门槛值,政府研发补贴对研发效率提升效应就没有那么明显,当政府研发补贴跨过第二个门槛值时,政府研发补贴对研发效率产生了负面影响。本文政策含义明显,政府应根据本地区的实际情况,切忌走入盲目提高政府研发补贴的误区,有针对性地实施差异化的研发效率提升策略。