南疆三地州具有发展特色林果业得天独厚的资源优势，近几年林果业发展迅速，果树种植面积不断扩大，特别是密植果园的兴起，势必会影响到当地粮食和棉花等关系社会稳定和产业安全作物的种植。粮棉果复合种植模式既可以提高当地居民收入又可以降低对粮食、棉花种植的影响，是南疆三地州发展林果业的首选模式。目前粮棉果复合种植模式在当地已经得到积极推广，不过模式较多，哪一种种植模式可以给当地发展带来较高的综合效益现在还不能确定，因此对当地的主要粮棉果复合种植模式做出综合效益评价并选出最佳的种植模式，对南疆地区的社会经济发展和农业系统结构优化，对加快少数民族地区脱贫致富的步伐以及维护社会稳定都非常有现实意义。本文在经济效益、生态效益和社会效益上共选取12个评价指标，建立粮棉果复合种植模式综合效益评价指标体系，运用AHP-模糊综合评价法对红枣、核桃、杏树和扁桃四种果树的19种间作模式和小麦-玉米、棉花两种单作模式做出综合效益评价。得出在红枣间作的7种模式中综合效益评价排名为：红枣（产）-小麦>红枣（产）-小麦-玉米>红枣（产）-棉花>红枣（产）-小麦-豆类>红枣（幼）-小麦-玉米>红枣（幼）-小麦-豆类>红枣（幼）-棉花；在核桃间作的6种模式中综合效益评价排名为：核桃（产）-小麦-玉米>核桃（产）-小麦>核桃（产）-棉花>核桃（产）-小麦-豆类>核桃（幼）-小麦-玉米>核桃（幼）-棉花；在杏树的4种间作模式中综合效益评价排名为：杏（产）-小麦-玉米>杏（产）-小麦>杏（产）-棉花>杏（幼）-小麦；在扁桃的两种模式中：扁桃（产）-小麦>扁桃（产）-小麦-玉米。整体来看，果树在幼龄期的间作模式综合效益都低于单作模式，在产果期的间作模式综合效益除杏（产）-棉花外都高于单作模式。从长期考虑，粮棉果高效种植模式相比普通的单作模式可以有效的提高农户的收入，为当地带来较高的综合效益。