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为了了解福建省H3N2亚型流感病毒基因进化过程,从分子生物水平上认识其变异特征和规律,并分析疫苗对福建省人群保护的效果,本次研究对1996~2011年福建省流感监测情况进行了描述,同时选用了64株分布于1996~2011年间的福建省H3N2亚型流感毒株来进行分子流行病学特征研究。首先通过MDCK细胞和鸡胚分离的方法来扩容病毒量少的病毒株,采用红细胞凝集(HA)和红细胞凝集抑制(HI)试验来对病毒株进行鉴定和分型,其次通过PCR和测序方法获得64株H3N2亚型流感病毒HA1区序列,最后运用生物信息学和统计学软件来分析获得的序列资料,在此基础上进行分子流行病学研究,结合监测数据来揭示H3N2亚型流感在福建省的流行规律和特征。结果显示,福建省流感流行存在冬春季和夏季两个高峰,ILI%的异常增加在一定程度上可以提示流感流行的风险。1996~2011年期间,福建省流感流行优势株存在H1N1、H3N2和B型流感之间交替的规律。福建省1996年以来的H3N2亚型流感病毒基因进化可以分为两个谱系,1996~2000年谱系和2002~2011年谱系,其进化规律都是沿着树枝主干随着时间推移向上延伸,序列的差异和年代成正比,初步判断2000~2002年福建省H3N2亚型流感病毒抗原性发生较大转变。1996年以来福建省H3N2亚型流感病毒HA1区共计在91个位点出现过变异,其中有25个氨基酸位点变异发生5个抗原决定簇上;7个变异位点发生在受体结合位点(RBS)及其附近;59个变异位点发生在抗原决定簇和RBS以外的位点,其中13个位点变异涉及年代间流感毒株的转换,值得高度关注。与WHO推荐疫苗株比较,1996~1999年和2005~2009年疫苗对福建省H3N2亚型流感的保护效果较好,而2000~2004年疫苗保护效果不佳,存在滞后现象。从HA1蛋白结构上分析,1996~2011年潜在糖基化位点有增多的趋势,而5个二硫键位点氨基酸密码子仍然保守,这均为维持HA蛋白的结构稳定起到重要作用。本次研究较详细地对1996~2011年福建省H3N2亚型流感病毒进行分子流行病学分析,阐明了HA1基因的特征和进化情况,结合福建省流感日常监测可为我省流感流行的预测、传染源追踪、疫苗筛选和流感防控提供科学依据,同时为今后进一步开展流感分子生物学研究奠定重要基础。