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作为国际水稻基因组计划的一个成员,中国科学院国家基因研究中心承担了粳稻日本晴第四号染色体精确测序的任务。同时,基因中心早在1993 年就着手籼稻广陆矮四号第四号染色体的测序工作。由于两个水稻亚种具有高度共线性,因此在构建两者的物理图时,彼此借鉴了各自的序列框架。构建物理图的主要方法是通过序列标签接头定位克隆重叠群,并用全库杂交的方法结合指纹图数据鉴定与已测序克隆重叠并且延伸出去的克隆。在本研究中,我采用了多模板多引物PCR(pool PCR)的方法,将BAC克隆DNA进行混合成pool DNA库,与多对引物同时进行PCR 反应并通过单一模板和单对引物的PCR 实验合测序分析验证,最终确定和已知克隆重叠的目的克隆。利用该方法和已定位于广陆矮四号第四号染色体102.3cM处的BAC克隆H621D04及相关的重叠群信息,用pool PCR 的方法共鉴定了7 个和定位BAC H621D04 重叠的克隆,其中有6个是用全库筛选的方法没有鉴定出来的,这说明pool PCR 是一种有效的鉴定克隆群和延伸物理图的方法。最后,结合指纹图数据,我确定了测序候选克隆H418F10 并进行了测序。 水稻是单子叶禾本科植物的模式植物。栽培稻日本晴全基因组测序工作的完成为深入研究这种模式植物打下了坚实的基础。研究染色体的表达模式是从庞杂的序列中挖掘基因编码信息的重要工作。。借助于水稻第四号染色体测序的工作,利用测序工作构建的亚克隆库的资源,通过PCR 扩增基因组片段构建了覆盖粳稻日本晴整条第四号染色体的特异芯片,研究水稻第四号染色体的转录活性。我选择了六种有代表性的水稻组织材料,按照组织和发育阶段将基因表达的情况进行分类,寻找染色体水平上基因表达的特异性模式。芯片杂交结果显示,82%的有注解信息的基因至少在一种组织材料中有表达,同时还发现1643