自巨额财产来源不明罪设立以来争议颇多,无论是法学理论界还是司法实务界。而研究巨额财产来源不明罪,对促进刑法分则理论研究的发展,以及司法实践和立法完善都有着积极的帮助。因此,对巨额财产来源不明罪的研究不但有着极大的理论意义,也有着重要的司法实践价值。本文在介绍赵某某贪污、受贿和巨额财产来源不明案这一真实案例之后,引出理论学界和实务学界存在的两个比较大的争议。其一就是本罪中证明责任的归属。在文中,首先介绍了我国刑事诉讼理论中一般证明责任的归属,而对特殊证明责任的归属介绍了两个特例,即巨额财产来源不明罪中的举证责任倒置和“持有型犯罪”中对证明责任的分配。接着,着重展开探讨巨额财产来源不明罪证明责任的分配,详细介绍了我国理论学界存在的不同观点,也就是证明责任分别由检察机关承担、被告人承担以及检察机关和被告人共同承担三种观点。而本文认为,我国在巨额财产来源不明罪中采用的是“举证责任倒置”的方法,并就巨额财产来源不明罪中使用举证责任倒置的合理性阐述几点理由。而在司法实践过程中,对于证据的证明程度也是我们应该关注的问题,因此本文借鉴外国法律的一般方法,提出对证据证明力程度进行分级,并借由法官心证,对被告人是否够罪进行综合判断。其二就是本罪刑罚配置的缺陷。从刑法中的条款来看,本罪的刑罚配置缺陷主要在于法定刑过低,以及财产刑的缺乏。本文就这两方面着重进行了探讨,并提出一些建议。本罪设立目的虽然是作为惩治贪污受贿犯罪的兜底条款,但是随着社会经济的发展,以及当前形势下打击惩治贪污腐败的需要,应将其放到与贪污、受贿犯罪一个高度上。最后,在结语部分,本文就当下反腐还存在的问题进行了简述,并简单提出了一些措施。