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传统的信息检索方式由于其局限性成为了当今检索技术发展的桎梏，为了满足用户的需求，进一步的检索出语义层次的信息，知识检索应运而生。 知识检索主要包括语义检索和语义推理两个关键点。在本体中，很多知识都是隐性的，我们需要经过推理才可以得到隐含的知识，所以从OWL中推理出可能存在的隐性知识成为了现在研究的热点之一。基于规则的推理和描述逻辑相得益彰，以规则为基础的推理通过RETE算法中模块匹配的方法来实现本体和规则的结合。 本文为了解决由于用户所输入的词汇与库中词汇不匹配的现象，利用功能本体来组织和表达科学效应知识。本文主要工作是基于功能本体，建立效应知识库的 SWRL推理规则，并在引入Jess引擎后实现一个效应知识库的检索系统。 首先，定义了科学效应本体库的模型、属性集并添加实例，建立基于功能本体的科学效应知识库，效应知识库中的本体以OWL形式进行存储。 其次，针对功能本体的效应知识库画出了详细的推理流程图，在流程图的基础上建立了SWRL的推理原子和所需的推理规则，详细介绍了SWRL的建立过程，完成了整个推理机制的规则建立部分。 再次，引入 Jess 规则引擎，从而与本体、SWRL 结合构建了基于功能本体的效应知识库的SWRL推理机制，详细介绍了整个推理机制的推理过程，推理机制的核心部分为：1.本体到Jess事实库的转换；2.SWRL到Jess规则库的转换；3.Jess推理过程。完善的SWRL推理机制为整个知识检索系统的核心内容，本文较好的完成了推理机制中各部分的工作。 最后，介绍了在知识检索过程中基本本体的语义相似度计算和语义查询扩展，提出了基于 SWRL推理机制的效应知识检索系统框架和系统设计，并给出了知识检索的流程和检索的结果，实现了基于功能本体的科学效应知识检索系统。