依据组织理论的发展脉络，组织的发展始终贯穿着权力的运用。组织文化、组织结构和组织运行成为组织中对权力配置产生重要影响的三大组织因子。本研究通过高等学校组织特性的视角，选取研究型大学、教学性本科院校、民办高校三类高校，展开影响我国高等学校校、院(系)权力配置的组织因子研究。　　 高等学校的组织文化是一种学习型文化，共享、协作型文化，平等分权型文化，批判性文化和缺乏自觉反省意识的文化。在研究型大学，崇尚学术至上的价值文化，追求管理文化和学院文化模式的适度协调以及对多元学科文化的认同使得激发学术活力、分权的度的把握成为校、院(系)权力配置的目标和关键性选择；在教学型本科院校，较强的院校文化整合功能以及学科文化发展的不平衡态势使得传统的校、院(系)权力配置模式尽管在局部有所突破，但二级学院(系)权力扩张的进程仍十分缓慢；民办高校的价值取向冲突“多元”，院校文化整合功能参差不齐，导致基层学术力量薄弱且不平衡，二级学院(系)的权力扩张缺乏组织基础。　　 高等学校的组织结构具有相对稳定性、属性的二元性和多样性特征。在研究型大学，组织结构开放性特征明显，基层学术组织灵活性增强，中层组织的矛盾性突出，使得学校与学院(系)的权力配置矛盾更多体现在学院与学系、学院(系)与研究所(室)以及学院(系)与跨学科组织之间。组织结构明显的科层化现象和单一的基层学术组织模式，使得教学型本科院校的权力主要集中在学校层面，基层学术组织的权力诉求呼声较弱；民办高校组织结构具有企业化、趋同化特征，这类高校一方面充分发挥企业管理的灵活性优势，加强集权管理，另一方面也开始逐步做出加强民主化管理的姿态，注重高校三大功能的发挥。　　 高等学校的组织运行具有无序性、控制的二重性和市场化运营三大特征。从研究型大学到教学型本科院校再到民办高校，行政控制逐步增强，学术控制逐步削弱。尽管研究型大学的学术控制在三类高校中相对较强，但由于学术权力执行力不够，管理方法和理念陈旧，校、院(系)权力配置中依然存在行政权力对学术事务干预过多等诸多问题；教学型本科院校的行政控制力量占绝对优势，学校运行稳定性高且灵敏性强，激发二级学院(系)活力的权力调整阻力较大，发挥学术权力的本源性是调整校、院(系)权力配置的关键；民办高校则实施一元化控制，学校运行受市场因素影响较大，校、院(系)权力配置呈现与公办普通本科院校既趋同又独具特色的特点，学校院务委员会和学术委员会、职能部门和二级学院以及教学和科研的关系处理成为实现民办高校校、院(系)权力合理配置的关键。　　 现阶段我国高等学校校、院(系)间权力配置尽管已有所改善，但依然存在较多问题，主要如组织文化力缺失，权力配置的行政化和市场化取向明显；管理重心依然过高，学院的主体性地位无法得到较好体现；二级学院(系)的权力扩张趋势较为明显，但扩张进程十分缓慢等等。但是，随着高等学校的院校文化机制、学术权力和行政权力制衡机制、多元化分权机制的建立，高等学校内部的组织文化凝练，结构、运行模式的构建将不断地推进有利于组织自生自发演进的制度环境的形成，可以说，这将很有可能成为促进我国高等学校的校、院(系)权力配置的最佳路径。