我国自然人控股的上市公司其股权结构更为接近西方上市公司,由于受到政府有关部门的约束较少,其市场特征更加明显,因此,公司治理机制与治理效应必然不同于其他上市公司。如果将其与其他上市公司一视同仁,则无论对于政府部门制定相关政策还是对于学术界进行理论研究,都具有不利后果。本文以沪深两市2003年至2008年自然人控股的民营上市公司为样本,由于这类上市公司不存在国有股定价、高管激励中的政府影响、国有股权变动中的审批等问题,因此,本文的研究不涉及这些因素和问题,本文主要通过对样本公司进行实证研究,揭示这类公司治理机制的运行规律。公司治理机制是一个复杂的机制体系,国内外相关研究大多只针对某一单一的机制进行研究,很少将公司治理的各个机制结合起来进行研究,本文通过对公司治理机制的内部机制和外部机制的分析,采用实证研究的方法揭示各个治理机制与治理效应之间的关系。内部治理机制主要涉及三个方面：即股东控制机制、董事会决策机制和高管激励机制,外部治理机制主要以信息披露机制为例,通过实证分析,得到以下结论：(1)我国自然人控股的上市公司的各种公司治理机制更多地只是体现在形式上,并没有真正地落到实处,并不能真正激励和促使公司内部人为实现利益最大化而努力经营；(2)在我国自然人控股的上市公司中,大股东监督对公司价值的正面影响与其侵占小股东利益、降低股票流动性对公司价值产生的负面影响并存,而且第一大股东持股比例与公司价值之间存在“区间效应”；同时,股权制衡对治理效应所产生的影响并不明显；(3)当董事会规模较大、第一大股东持股比例较高、公司规模较大时,董事会独立性较低；同时,董事会会议次数较多时,公司治理效应较高；独立董事制度对自然人控股的上市公司治理效应具有明显的积极作用,但该作用存在滞后性；(4)自然人控股的上市公司第一大股东持股比例较高、独立董事比例较高、董事长与总经理两职兼任时,高管变更次数较少：同时,高管平均薪酬对公司治理效应并不产生明显的促进作用,然而高管变更对公司治理效应具有明显的促进作用,但该作用同样存在滞后性；(5)自然人控股的上市公司外部治理机制对公司治理效应具有显著的负面影响。会计师事务所虽没有纵容市场价值高的上市公司的倾向,但存在纵容财务绩效好的上市公司的倾向；自然人控股的上市公司审计费用越高、规模越大、董事会独立性越高、资产负债率越低,其越有可能获得“标准无保留意见”的审计报告。本文通过对样本公司(自然人控股的民营上市公司)的治理机制及其治理效应进行全面地分析与评价,最终证实了自然人控股的我国上市公司的治理机制与治理效应之间的关系,为这类公司的公司治理提供了一定的理论与经验依据。