明确石竹属花卉的遗传背景及亲缘关系,不仅可为今后育种中的亲本配制提供依据,也可为育成新品种的有效鉴定提供支持。因此,本研究以从国内外收集的28份石竹属花卉为材料,对其种子和花瓣外形进行了分析;对石竹转录组测序中获得的SSR引物进行了多态性筛选,利用筛选获得的SSR引物对28个石竹属花卉在DNA水平进行了多态性分析,结果如下:（1）从种子形态看,28个石竹属花卉种子除大小可分为中粒和小粒种实外,其余外形特征一致,均为卵圆形,表面凸起的脊,种脐均位于种子基端,种皮表面均为条纹-负网状纹饰。（2）除香石竹和常夏石竹、中国石竹cv.猩红和中国石竹cv.繁星绯红及Ameria和Giganteus外,按照花瓣大小、喉部圈、边缘锯齿可将Cheddar Pink、瞿麦cv.红花、中国石竹野生、Sooty、中国石竹cv.红花、Alwood Pink、中国石竹cv.白花、Bartatus Red、Caesius、Badenia、Carthusianorum、瞿麦野生、少女石竹cv.Arctic Fire、少女石竹cv.Confetti Cherry Red、Knappii Yellow、Cruentus、Monspessulanus、Arenarius、Sylvestris、Pavonius完全区分开。（3）从中国石竹转录组测序获得的100对SSR分子标记,共筛选出33对通用性好、多态性高、扩增条带清晰的引物;在28种石竹属花卉中共扩增出258条带,均具有多态性,多态率为100.00%;每对引物可扩增出4-13多态性条带,平均每对引物7.82条。（4）采用NTSY-PC2.11进行分析,28个石竹属花卉的遗传相似系数在0.594-0.969之间,可聚为三大群。第Ⅰ大群包括除中国石竹cv.繁星绯红外的所有中国石竹、Cheddar Pink、瞿麦cv.红花、常夏石竹、香石竹、Alwood Pink、美国石竹cv.、Caesius、Badenia、Carthusianorum、Ameria、Alpine Mix（大粒种子）、Alpine Mix（小粒种子）和少女石竹cv.Arctic Fire;第Ⅱ大群包括Knappi Yellow、Arenarius、Sylvestris、Monspessulanus、Pavonius、少女石竹cv Confetti Cherry Red、中国石竹cv.繁星绯红和Cruentus;第Ⅲ大群包括Giganteus与瞿麦野生。（5）采用3对引物c37368＿g2、c37647＿g1和c38800＿g1构建SSR分子标记指纹图谱,可将28个石竹属花卉材料区分开。