环境行政指导是环境行政主体在其职责范围内，为实现一定的环境行政目的而灵活实施，但只有在征得相对人同意后才产生法律效果的单方环境行政行为。在此基础之上分析了环境行政指导具有的灵活性、非强制性、不平衡性等特点，指出环境行政指导的性质是一种特殊的行政法律行为。在基础理论的研究之后，本文主要从有利于环境保护的角度分析了我国环境行政管理过程中积极运用环境行政指导的必要性，指出环境行政指导的运用是我国环境行政管理模式发展的必然要求，是解决环境问题的必要调控手段，实现可持续发展的有效途径。然而，由于长期计划经济体制的影响，环境行政指导在我国并没有得到足够的重视，在实践中存在的缺陷严重制约了其作用的发挥。针对这一现实，笔者提出了在我国运用环境行政指导的具体建议：首先，着眼于环境行政指导行为的有效性，必须完善运用环境行政指导的基本条件，培养公民的环保意识，维护政府的诚信形象，提高行政相对人的法律地位，建立完善的利益诱导机制。特别是利益诱导机制，作为环境行政指导发挥作用的核心机制，笔者将其作为研究重点，进行了全面深入的分析。其次，由于环境行政指导具有的灵活性特点，大部分的环境行政指导不需要有具体的法律规定，环境行政主体可以根据具体的现实需要在职责范围内作出灵活选择，具有很大的自由裁量性。为了保证环境行政指导不被滥用，就要确立一系列基本原则。最后，要推动环境行政指导的法制化建设。关于环境行政指导的法律依据，笔者认为，由于我国环境法制建设的滞后性和环境保护行政的日趋复杂化，环境立法普遍难以满足现实发展的需要，法定外的环境行政指导确实有存在的必要，关键是要如何才能对其进行有效的规制，这一重任自然落到了程序法的肩上。对环境行政指导的程序规制主要应在发挥灵活性优势基础上保证相对人的知情权、参与权。此外，法律救济也是环境行政指导法制化建设的重要内容，包括救济条件、救济范围、救济形式等。