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目的：番茄黄萎病是世界番茄生产中重大病害之一,利用SSR标记构建番茄遗传连锁图谱,并对黄萎病抗性进行初步QTL定位,为建立分子标记辅助育种体系奠定基础,从而全面推进番茄抗病育种的进程。种质资源的遗传多样性是育种工作的基础,利用SSR标记对新疆主栽以及美国引进的加工番茄品种进行遗传多样性分析,旨在为新疆加工番茄的新品种选育提供理论依据。方法：以抗病品系石红303-M.和感病品系石红303-F杂交产生的184个F2：3家系为作图群体,采用SSR分子标记技术,利用Joinmap3.0和MapQTL5.0软件构建了一张加工番茄遗传连锁图谱,对加工番茄黄萎病抗性基因进行了初步QTL定位分析。利用SSR标记对48个番茄品种进行遗传多样性分析,通过NTSYS-pc Version 2.0软件计算遗传相似系数及完成遗传聚类。结果及结论：1.通过对F2：3家系抗性性状进行统计分析,结果符合抗：感植株比例为3：1的X2适合性测验,说明黄萎病抗性的遗传方式是受一对基因控制的质量性状。2.从500对SSR引物中筛选到了39对有多态的引物,用这些引物对F2群体进行分析,最后得到一张含39个位点,6个连锁群的图谱,连锁群的标记数最少2个,最多26个,覆盖总长217.2cM,标记间平均距离为5.57cM的番茄品种内分子标记遗传连锁图。3.用复合区间作图法对抗病性状进行QTL定位,共检测到了3个QTLs,命名为Qvel,Qve3, Qve5解释的表型变异分别为16.7%、28.9%、31.6%。Qvel覆盖区域在16.35 cM-24.66 cM之间,与左右引物SSR1、SSR226距离分别为1 cM、2.24 cM, Qve3覆盖区域在9 cM-16 cM之间,与左右引物TOM144.TC167949距离分别为9 cM,1.33 cM, Qve5覆盖区域在17 cM-29cM之间,与左右引物SSR19、TC155130(?)巨离分别为17cM、7.34 cM。4.48个供试品种间的遗传相似系数变化范围为0.575～0.986,平均值为0.809。且90.1%的供试品种的遗传相似系数在0.735～0.935之间,遗传相似系数在0.900以上的占10.45%,遗传相似系数最大值达到了0.986,说明品种间遗传基础太近。5.遗传相似系数在0.80处,可以把48份供试加工番茄品种划分为6大类。第一大类包括31品种,第二、三、五、六类都只包括一个品种。第四大类包括13个品种。结合系谱分析结果表明,新疆的加工番茄品种遗传多样不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近.