本文采用PCR-RFLP技术分析了天府肉羊和波尔山羊MSTN基因内含子2,IGFBP-3内含子2及外显子2、3的酶切位点多态性,分析了这两种基因在品种内、品种间的群体遗传变异和物种间的系统发育及两种基因与天府肉羊、波尔山羊生产性状的相关性,结果表明:1.山羊MSTN基因内含子2部分序列中共检测到7个突变位点,其中4个单一信息位点,3个多态信息位点;碱基变异中以G-A转换、颠换为主(4/7)。波尔山羊内含子2序列的167、463位点处有AT碱基缺失。2.利用PCR-RFLP技术检测到天府肉羊、波尔山羊MSTN基因EcoRV酶切位点多态性,产生两种基因型,为AA和AB。A等位基因在群体中处于优势地位,其频率(0.932)大大高于等位基因B(0.068)。生产性能相关分析表明,在EcoRV基因座位上AA基因型个体的体高和初生重显著高于AB型个体(P＜0.05),因此,表明不携带突变型等位基因B个体的体高和初生重更具优势。3.山羊IGFBP-3基因内含子2序列中共检测到25个突变位点,其中24个单一信息位点,1个多态信息位点,碱基变异全部为A-G,T-C转换、颠换。外显子2序列中共检测到12个突变位点,全部为单一信息位点,碱基变异主要为A-G,T-C转换、颠换(9/12)。外显子3序列中共检测到7个突变位点,全部为单一信息位点,碱基变异全部为A-G,C-G,T-C转换。4.IGFBP-3基因外显子2、3区域共编码74个氨基酸。外显子2序列编码21个氨基酸,有3个氨基酸发生变化,其中第15位谷氨酰胺变为色氨酸。第16位丙氨酸变为缬氨酸,第20位精氨酸变为组氨酸。外显子3序列编码53个氨基酸,有3个氨基酸发生变化,其中第488位组氨酸变为天冬氨酸,第494位甲硫氨酸变为苏氨酸,第499位甘氨酸变为丙氨酸。5.利用PCR-RFLP技术检测到天府肉羊、波尔山羊IGFBP-3基因FspBI酶切位点多态性,产生三种基因型,分别为AA、AG和GG。A等位基因在群体中处于优势地位,其频率(0.565)高于等位基因G(0.435)。生产性能相关分析表明,在FspBI基因座位上GG基因型个体的体长值要显著高于AG、AA型个体(P＜0.05),且GG＞AG＞AA,因此,表明携带突变型等位基因G个体的体长更具优势。