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煤污病是一类常见的植物病害，在温暖湿润的地区普遍发生。煤污病菌附生于寄主表面，形成黑色污斑。该病害寄主范围广泛，在苹果、梨等果实上最为常见，导致果实商品价值降低，造成经济损失。煤污病病原真菌种类多样，涉及十几个属的数十个种，但大多数都是未经鉴定的系统发育种或暂定种，阻滞了对其生物学、流行学、防治等的研究。本论文采用系统发育分析和形态学特征相结合的方法对煤污病相关真菌属进行分类研究，在此基础上，采用系统发育方法分析了中国煤污病菌的多样性组成。对分离自中国、美国和土耳其的苹果、巴婆和笋瓜等寄主煤污病菌株进行了系统分类研究。在座囊菌纲（Dothideomycetes）建立了一个新属，链丝孢属（Scleroramularia），该属可能代表座囊菌纲内尚未描述的一个目。在煤炱目（Capnodiales）的锥梗菌科（Dissoconiaceae）建立了一个新属，拟维朗那霉属（Pseudoveronaea）；并重新启用了原来被作为锥梗孢属（Dissoconium）异名的乌氏霉属（Uwebraunia），从形态特征和系统发育两方面表明乌氏霉属和锥梗孢属是不同的属。重新启用乌氏霉属（Uwebraunia）后，锥梗孢属成为一个单系群，包括三个种：针刺锥梗孢（D. aciculare）、桉树锥梗孢（D. eucalypti）和山龙眼锥梗孢（D. proteae）。建立了乌氏霉属的4个新组合种，分别为：澳大利亚乌氏霉（U. australiensis）、普通乌氏霉（U. commune）、德克乌氏霉（U. dekkeri）和香蕉乌氏霉（U. musae）。首次报道乌氏霉属（Uwebraunia）引起煤污病。建立和描述了叠孢属（Microcyclospora）、小叠孢属（Microcyclosporella）、拟维朗那霉属（Pseudoveronaea）、枝氯霉属（Ramichloridium）、链丝孢属（Scleroramularia）和平脐疣孢属（Zasmidium）等6个属的21个新种和1个新组合种。其中，叠孢属（Microcyclospora）新种1个，礼泉叠孢（Microcyclospora liquanensis）。小叠孢属（Microcyclosporella）新种5个，分别是柱孢小叠孢（Microcyclosporella cylindrica）、灵宝小叠孢（Microcyclosporella lingbaoensis）、倒棍棒小叠孢（Microcyclosporellaobclavata）、天水小叠孢（Microcyclosporella tianensis）和延长小叠孢（Microcyclosporellayanchangensis）。拟维朗那霉属（Pseudoveronaea）新种2个，椭圆拟维朗那霉（P.ellipsoidea）和倒棍棒拟维朗那霉（P. obclavata）。枝氯霉属（Ramichloridium）新种7个，新组合种1个，新种包括彬县枝氯霉（R. binensis）、笋瓜枝氯霉（R. cucurbitae）、礼泉枝氯霉（R. liquanensis）、鲁枝氯霉（R. luensis）、黄枝氯霉（R. luteum）、刻点枝氯霉（R. punctatum）和郑州枝氯霉（R. zhengensis），新组合种苹果枝氯霉（R. mali）。链丝孢属（Scleroramularia）新种5个，分别是多点链丝孢（S. abundans）、巴婆链丝孢（S.asiminae）、河南链丝孢（S. henaniensis）、仁果链丝孢（S. pomigena）和陕西链丝孢（S.shaanxiensis）。平脐疣孢属（Zasmidium）新种1个，角状平脐疣孢（Z. angulare）。首次报道平脐疣孢属（Zasmidium）种类引起煤污病。对2005年至2007年在我国苹果主产区煤污病调查中得到的323个来自苹果的菌株和40个来自山楂、梨、柿子、柑橘和西府海棠的菌株，采用系统发育分析的方法进行了多样性分析，表明我国煤污病菌多样性丰富。除6个菌株暂不能确定属外，其余357个菌株可归为35个系统发育种，其中，已描述的种类22个，尚未描述的系统发育种13个。35个系统发育种中，偶发种28个，仅在个别省区分布；常见种7个，分布较为广泛，包括Sterile mycelia sp. CN、Peltaster sp. CN、椭圆拟维朗那霉（Pseudoveronaeaellipsoidea）、礼泉枝氯霉类似种（Ramichloridium liquensis-like）、鲁枝氯霉类似种（Ramichloridium luensis-like）、威斯康辛接瓶霉（Zygophiala wisconsinensis）和杨凌后稷孢（Houjia yanglingensis）。其中，Sterile mycelia sp. CN分离自四个不同的省区，Peltaster sp. CN和椭圆拟维朗那霉（Pseudoveronaea ellipsoidea）分别分离自五个不同的省区，其余四个种都分离自三个不同的省区。7个常见种的菌株数目差异较大。Sterile mycelia sp. CN的菌株数目最多，有122个菌株，占总菌株数的33.7%。其次为Peltaster sp. CN、椭圆拟维朗那霉（Pseudoveronaeaellipsoidea）和礼泉枝氯霉类似种（Ramichloridium liquensis-like），分别有55、40和41个菌株，占总菌株数的15.2%、12.2%和11.3%。鲁枝氯霉类似种（Ramichloridiumluensis-like）、威斯康辛接瓶霉（Zygophiala wisconsinensis）和杨凌后稷孢（Houjiayanglingensis）三个种的菌株数目较少，分别有17、6和5个菌株，占总菌株数的4.7%、1.7%和1.4%。不同煤污病菌的寄主范围也不同，35个系统发育种中，34个在苹果上均有发生，5个种的寄主既包括苹果，也包括其它寄主。