土壤盐渍化是妨碍作物正常生长,影响作物高产稳产和种植面积扩大的重要限制性因素。种植水稻是改良和利用盐渍化土壤的经济有效途径之一,而水稻耐盐性遗传改良是在盐渍化土壤种植水稻的基础。水稻耐盐基因定位是水稻耐盐基因克隆和分子育种的必要条件,对推动水稻耐盐育种具有重要意义。本研究针对至今关于水稻耐盐QTL初步定位报道较多,而发掘耐盐基因较为困难的难题,通过水稻耐盐性梯度试验,建立耐盐性鉴定评价技术方法;以RIL群体和关联群体为研究材料,在温室和田间盐胁迫环境下开展分蘖期耐盐性的多年重复鉴定评价;利用全基因组重测序技术,通过连锁分析和全基因组关联分析分析策略,定位水稻耐盐性QTL位点;在盐胁迫和正常环境下,对RIL群体2个亲本以及耐盐显著差异家系开展RNA-seq分析,利用生物信息学方法进行水稻耐盐候选基因预测分析。其研究结论如下:1明确水稻分蘖期耐盐性鉴定的最适盐胁迫浓度为0.5%,表型调查最佳时间为盐胁迫处理4-6周后,以耐盐等级作为评价指标,可以准确鉴别水稻种质耐盐性差异。利用此鉴定方法对2886份水稻种质资源进行耐盐性鉴定,筛选出137份相对耐盐种质,为水稻耐盐遗传机理研究和新品种选育提供重要的资源支撑。2由吉冷1号×密阳23构建的RIL群体中,检测到1.81M高质量SNP标记,利用“滑动窗口”策略将上述SNP标记简化为3061个Bin标记。构建总长1408.03 cM、平均间距0.48 cM的高密度遗传图谱。该遗传图谱与水稻参考基因组具有较高的共线性,能够快速准确定位株高、生育期等高遗传力性状相关基因。基于上述RIL群体耐盐性鉴定结果,定位了12个耐盐相关QTL位点,其中6个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。搜索稳定QTL置信区间内已克隆基因,筛选到4个已知水稻耐盐相关基因:OsNAPL6、OsRR22、ONAC106和ONAC063。3利用关联群体开发了1.31M高质量SNP标记,估计群体LD衰减距离约为475 kb,可将群体划分为2个亚群。结合群体耐盐性鉴定数据,筛选到145个水稻耐盐相关SNP标记,位于19个QTL上。其中4个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。在稳定QTL附近,筛选到2个已经克隆水稻耐盐相关基因:OsDREB1D和OsRR22,5个未克隆渗透调节物质运输相关基因,可作为水稻耐盐候选基因。4通过水稻耐盐性差异转录组分析,筛选到515个水稻耐盐相关特异转录表达转录本,分布于480个基因上,其中有10个基因已经克隆,进一步验证了这些基因通过差异表达影响水稻盐胁迫反应。经比较转录组分析筛选出的水稻耐盐特异差异表达基因中,有20个基因位于QTL位点的置信区间内,重点关注Os02g0574100和Os11g0256300,作为影响水稻耐盐遗传调控的候选基因,有待进一步开展基因功能验证。