肠炎沙门氏菌病是一种人畜共患病,不仅给家禽养殖带来了重大经济损失,而且引发食物中毒,危害公共卫生安全。肠炎沙门氏菌是一种垂直性传播的疾病,能通过亲代传给子代,预防困难。目前,家禽肠炎沙门氏菌病主要通过疫苗和抗生素进行防治,但效果颇受争议。通过抗病育种手段提高家禽自身抗性无疑成为一种切实可行的方法。但疾病抗病性是在长期的进化历程中经过自然选择形成的,属于低中等遗传力水平的数量性状,受到多基因的控制。目前,鸡肠炎沙门氏菌抗性研究主要集中在TLR4/MyD88/NF-κB等少数功能基因以及相关的信号与调控通路中。在表观遗传水平研究较少,本课题在人工感染肠炎沙门氏菌感染鸡群中,检测早期机体在体重、体温以及免疫性能相关指标的变化,并检测相关基因mRNA表达水平,同时利用MeDIP-seq测序检测全基因组甲基化水平,旨在探究肠炎沙门氏菌感染机制,为抗病育种提供理论依据。试验一：以12日龄白来航鸡为研究对象,人工感染肠炎沙门氏菌。感染后,在第12h、24h、72h和144h四个时间点分别采样,检测体温、体重及免疫器官指数等表型指标的变化,并用酶联免疫法检测了血清介质IFN-α、IL6、TNF-α和IgY的变化,采用探针法及平板计数法检测血液和脾脏盲肠载菌量；同时利用荧光定量方法检测盲肠TLR4、TLR2-1、TLR21及甲基转移酶基因DNMT1DNMT3A、和DNMT3B表达量的变化。攻毒组和对照组相比较,24h脾脏指数、法氏囊指数、IFN-a血清含量、IL6血清含量基盲肠TLRs基因的表达均在24h显著差异(P<0.05)。暗示肠炎沙门氏菌感染早期感染过程中,24h可能为一关键时间点。试验二：攻毒24h可能是肠炎沙门氏菌感染早期免疫变化关键时间点。结合24h基因组整体甲基化及载菌量结果,选取攻毒组24h濒死鸡及对照组鸡各3只,采血提取DNA做MeDIP-seq测序。基于MACS软件分析,按照pval<0.05的peak作为差异peak,找到1041个差异peak。基于差异peak共找到953个差异基因,其中启动子区域甲基化上调基因98个,基因启动子区域甲基化下调的基因131,genebody甲基化上调基因325个,genebody甲基化上调基因399个。用DAVID数据库分析甲基化差异基因所参与的信号通路,共筛选到53条差异信号通路,其中在免疫反应起作用的有9条。基因启动子区域甲基化差异能够调节基因的表达,本研究发现启动子区域甲基化差异的基因229个,通过基因功能的查询(http://www.genecards.org)和相关文献报道发现,并结合通路分析结果找到肠炎沙门氏菌感染24h甲基化变化的免疫相关基因：AGAP3、BF1、MR1、 VPS37D、CD8A、TLR2-1、DNMT3A、MIR365-1和MIR365-2。