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微微型绿藻和定鞭金藻是海洋生态系统中重要的初级生产者,在物质循环和能量流动过程中起重要作用,但口前对于微微型绿藻和定鞭金藻的多样性及分布的研究较少。本研究以东海为主要研究海区,以分子生物学的手段,包括18S rRNA克隆文库和荧光原位杂交结合酪酰胺信号放大(fluorescence in situ hybridization associated with tyramide signal amplification, FISH-TSA)技术来研究东海微微型绿藻和定鞭金藻的多样性及微微型真核浮游植物主要类群的时空分布特征,主要结果如下：(1)构建了基于东海及西太平洋黑潮区的6个代表性站位共8个样品的微微型绿藻和定鞭金藻的18S rRNA克隆文库。东海及西太平洋黑潮区微微型绿藻的多样性十分丰富,检测到336条微微型绿藻的序列,分为35个操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)。微微型绿藻的序列分布在青绿藻Clade Ⅰ (Pyramimonadales)、青绿藻Clade Ⅱ (Mamiellophyceae)、青绿藻Clade Ⅶ (Prasino-Clade Ⅶ)、青绿藻Clade Ⅸ (Prasino-Clade Ⅸ)和共球藻纲(Trebouxiophyceae)等5个类群。遗传演化分析表明,各类群序列均落入已知的演化分支中。Micromonas Clade A和Ostreococcus Clade B是东海微微型绿藻的优势类群,Micromonas Clade B._.4的序列只分布在陆架区的文库中,Ostreococcus的一个OTU与红海的一条参比序列独立形成一个可能的Ostreococcus新进化分支。检测到东海和西太平洋黑潮源区554条微微型定鞭金藻序列,分为58个OTU.微微型定鞭金藻的序列主要分布在棕囊藻(Phaeocystales)、定鞭藻(Prymnesiales)、定鞭金藻Clade D (Hapto-Clade D)、定鞭金藻Clade E (Hapto-CladeE)、合盤藻(Zygodiscales)和条结球藻(Syracosphaerales)等6个类群。遗传演化分析表明,除了已知的演化分支外,本研究也发现了一个定鞭金藻的新演化分支(Novel Class),该分支的序列均来自西太平洋黑潮区站位的文库中,是一个适应寡营养的演化分支。Hapto-Clade D是一个被认为主要分布在寡营养海区的类群,而本研究的结果表明Hapto-Clade D是一个广泛分布于寡营养、中营养甚至富营养海区的类群。(2)研究了东海秋季和春季微微型真核浮游植物主要类群的时空分布特征。结果表明,在秋季和春季航次,微微型绿藻和定鞭金藻共同构成了微微型真核浮游植物的主要组成成分,它们在不同环境条件下的丰度可占微微型真核浮游植物总丰度的44.8-100%.春季航次中微微型浮游植物的最高丰度为36364cellsmL-1,显著高于秋季航次中的最高丰度18715cells mL-1.微微型真核浮游植物各类群在分布上存在明显的季节差异,秋季航次中微微型浮游植物在长江口-陆架-外缘海区呈现斑块状分布；春季航次中微微型浮游植物主要集中在长江口区域,微微型定鞭金藻主要分布在陆架区的表层。