生物体可看作是一种特殊的信息处理系统，论文的第二章从这种观点出发讨论了生物细胞内最大的信息源基因组DNA序列的信息编码问题。首先探讨了基因组蛋白质编码区的信息编码问题；简要回顾转录水平的基因表达调控后，讨论了基因组基因表达调控区的信息编码问题。 论文的第三章介绍了我们利用internet上可获取的开放的生物信息学资源，对基因组DNA调控区的一种可能的编码方式所进行的理论研究。这种可能的编码方式我们称之为双链DNA上的碱基空间模式BSP（Base Spatial Pattern）。首先，我们发现了由三联体BSP介导的一种4与20的关系，称为4-BSP-20关系。并推测4-BSP-20关系也许是某些DNA—蛋白质相互作用中的一种识别密码；第二，研究真核细胞转录调控中的DNA—蛋白质相互作用的实验数据表明：某些DNA结合蛋白质对双螺旋核酸的专一性识别可能与BSP有关。我们找到了七组由其他生物学家公开发表的实验数据支持这一猜测；第三，我们还研究了BSP的形式化描述问题，找到了一种基于等价类的BSP描述方法，并开发了相应的计算机处理算法。该描述方法简明且便于用计算机进行处理，更重要的是它提供了一种研究途径，可把BSP和4-BSP-20关系推广到单链DNA（ssDNA）和ssDNA-蛋白质相互作用的研究中，从而可进一步推广到RNA和RNA-蛋白质相互作用的研究中。 在结论部分，我们给出了BSP的研究展望。