在回顾相关理论的基础上，本文通过索洛余值、数据包络、随机前沿三种方法对新疆地区和新疆各地州的全要素生产率进行了测算，分析了新疆地区和新疆各地州全要素生产率的差距；还运用变异系数、泰尔指数、增长回归三种方法对新疆的经济差距进行了测算和分析；在此基础了分析了新疆各地州全要素生产率的差距及其经济差距的关系，即从全要素生产率的视角来看新疆各地州的经济差距；本文还分析了全要素生产率的影响因素。主要结论如下：1、在对全要素生产率的测算和分析中，首先，通过索洛余值初步得出全要素生产率差距与新疆各地州经济差距存在着某种关系的结论。其次，通过DEA方法分析得到，技术效率的地区差距对全要素生产率的地区差距起着非常重要的作用，而且进一步的研究也显示纯技术效率比规模效率对技术效率有更重要的作用。再次，通过SFA方法测算的技术效率值可知：地区差距总体上是北疆、东疆、南疆依次下降，这与DEA的测算结果基本上是一致的。2、在新疆各地州经济差距的研究中，变异系数、泰尔指数、增长回归三种方法的研究结果基本一致。总的来说，新疆各地州的经济差距经历了一开始的小幅度缩小趋势（1994-1996年），而后呈现出显著扩大趋势（1997-2005年），接着呈现不显著的扩大（2006-2008年），最后又开始显著扩大（2009-2012年），总体而言，在整个考察期内（1994-2012年）新疆经济差距是显著扩大的。假如我们按1994-1996年的速度来缩小经济差距，即高收入地区与低收入地区劳均GDP差距大约以每年2.14%的速度缩小，那么将南疆地区和北疆地区的经济差距缩小一半大约需要33年。3、在对全要素生产率差距和经济差距两者关系的分析中发现：要素投入对经济差距的贡献主要是通过影响全要素生产率，与全要素生产率形成交互作用，最终才影响到经济差距，其自身独自对经济差距的直接影响微乎其微，其贡献率最大值仅为5%。要素投入因素并不是造成新疆地区经济差距的最主要的原因。同时本文还利用协整检验方法和基于向量误差修正模型的脉冲响应分析和方差分解对新疆各地州的全要素生产率、要素投入及劳均产出差异的长短期关系进行了分析。研究结果表明：全要素生产率是造成新疆各地州经济差距的主要原因。4、在全要素生产率的影响因素分析中，主要研究了科研投入、人力资本、外商直接投资、产业结构这四个因素。其中，对外开放程度和科研经费投入是主要的影响因素。由于科研经费数据较难获得，进一步的研究仅分析了FDI与全要素生产率的关系。研究发现FDI对TFP变动的影响具有一定的长期性和滞后性。