随着我国高校改革的不断深化，新型高校不断涌现，为我国高校的转型提供了很多具有借鉴意义的案例。第三部门高校是依据三大部门理论划分的一类新型高校，具有公益性、自主性和非营利性等组织特征。本研究主要是基于案例研究来分析第三部门高校内部治理结构的现状、问题以及提出相关优化策略。本文研究的思路是首先梳理了第三部门高校内部治理结构的研究现状，以及第三部门高校内部治理结构的理论基础。其次分析了国外同类高校的内部治理结构，以及其对于我国第三部门高校内部治理结构的启示。最后通过对浙江万里学院内部治理结构剖析，分析我国第三部门高校内部治理结构的现状和问题，并且提出相关的优化策略。本研究的重点内容是通过浙江万里学院的案例研究来分析我国第三部门高校内部治理结构，主要是分析其办学特色和办学理念、组织结构、运行机制。办学特色和办学理念这主要包括其大学的办学目标、大学治理所遵循的治理理念等等。组织结构主要内容包括第三部门高校内部的董事会结构、执行结构以及监督机构的设置等。运行机制主要包括大学内部的人事管理机制、财务管理机制以及事务管理机制等。通过对于第三部门高校内部治理结构的分析，本研究得出的结论为第三部门高校内部治理结构还不完善，存在代理人风险、董事会制度不完善、制约机制和激励机制不健全、多元主体参与内部治理不充分等问题，并且通过研究，提出相关策略，包括引入市场化运作模式的内部运行机制、完善内部制约机制和激励机制、构建以二级管理为核心的分权组织模式、构建利益相关者共同参与治理模式等。