大型底栖动物是生活在富含有机质水体底部的水生无脊椎动物类群,其数量庞大,分布广泛有着丰富的分类单元,是河流生态系统的重要组成部分。大型底栖动物的生命活动直接或间接地影响水生生态系统结构和功能的完整性,同时也在河流生态系统中的物质运输、能量流动和信息传递起着十分关键性的作用。本论文针对研究和保护天然河流生态系统的现实需要,探究新疆巩乃斯河上游河段的生态状况,先后在2018年10月（枯水期）和2019年6月（丰水期）开展野外实验,定点测量环境因子数据和采集大型底栖动物样本。通过对比分析两个时期的大型底栖动物物种组成、功能摄食类群和生活型分类的差异,及其与环境因子的关系,并且根据大型底栖动物生物指数判断巩乃斯河的健康状况。本研究成果不但可以为巩乃斯河生态保护和后续相关研究提供基础数据支持后续,而且可以补充伊犁河水系生态研究成果,对伊犁河相关研究的开展具有一定的借鉴意义。研究结果如下:（1）研究河段共采集到大型底栖动物40种,隶属3门4纲8目27科,主要以水生昆虫（Insecta）为主,枯水期每个样点平均有19种大型底栖动物,平均密度为1281±548 ind·m-2;丰水期每个样点平均有24种大型底栖动物,平均密度为2300±585 ind·m-2,整体来看枯水期时各个采样点的大型底栖动物密度都低于丰水期。直突摇蚊亚科（Orthocladiinae spp.）、长跗摇蚊族（Tanytansini sp.）、四节蜉属（Baeits sp.）、亚美蜉属（Ameletus sp.）和Cheilotrichia sp.是研究河段的优势类群。经过对巩乃斯河枯水期和丰水期的大型底栖动物的密度、丰物种富度和多样性等指标进行T检验,结果表明:丰水期大型底栖动物的密度和物种丰富度都显著高于枯水期（P<0.05）,但是两个时期大型底栖动物的生物多样性指数和均匀度无显著性差异（P>0.05）。（2）经过对枯水期和丰水期的大型底栖动物进行功能摄食类群分类,发现巩乃斯河研究河段的功能摄食类群结构完整,包含收集者、捕食者、撕食者、刮食者和滤食者5种类型。收集者在两个时期占比都是最大的,枯水期的相对丰度为40.21%,丰水期的相对丰度分别为73.01%;按照生活型类型对两个时期的大型底栖动物分类的结果显示,巩乃斯河大型底栖动物有固着型、穴居型、攀爬型、游泳型和蔓生型5种类型。枯水期时固着型动物相对丰度最大为43.20%,丰水期时蔓生型动物相对丰度最大为57.53%。（3）巩乃斯河枯水期和丰水期的环境因子存在显著的差异,流速和水温枯水期显著低于丰水期（P<0.01）,溶解氧、电导率、总固体溶解度和p H表现为枯水期显著高于丰水期（P<0.01）。河流中环境因子的变化直接影响着大型底栖动物的组成和分布,因此对两个时期大型底栖动物的物种组成和环境因子之间进行典范对应分析,发现在枯水期对大型底栖动物分布起主导作用环境因子是p H、水温和溶解氧,而水温、电导率和总固体溶解度是丰水期影响大型底栖动物分布的主要环境因子,可见水温是影响巩乃斯河不同时期大型底栖动物群落变化的关键环境因子。（4）巩乃斯河上游河段整体健康水平处于比较良好的状态。对评价指数综合分析发现,在所有样点中水质状况为“亚健康”的样点占42.59%;其次为“健康”状态,占比37.96%。Margalef指数和ASPT指数评价结果的灵敏度上较差,不适合巩乃斯河上游河段的生物学评价,因此本研究认为,Shannon-Weiner指数和、Pielou指数、BI指数、和BMWP指数比较适合该地区水质生物学评价。