中药是中华医药学的宝贵财富，对其进行系统的研究对于继承和发展中药，并得到全世界的认同，具有非常显著的意义。尽管在中国已经应用了几千年历史，但当前中药还难以走向世界，得到国际药学同行认可，主要原因包括：(1)物质基础不明确；(2)作用机制不清楚；(3)缺乏有效手段来评价中药疗效及传统中医理论的正确性。知母甾体皂苷具有良好的预防中枢神经系统疾病的疗效，但是其复杂的化学成分和生物利用度，特别是能够透过血脑屏障的皂苷成分及其代谢产物相关研究的大大阻碍了其用于大脑神经功能紊乱治疗药物的进展。本论文综合了多维色谱质谱联用，微透析采样，代谢组学及模式识别处理技术等药物分析学科前沿的手段和方法，系统开展了知母总皂苷成分，药效机理与阿尔茨海默症致病机制的全面研究，并为其它中药-疾病这种典型的“系统对系统”的研究模式提供参考。1.发展了一种新的全二维液相色谱-质谱联用技术，以反相色谱(RPLC)用作第一相分离，聚胺色谱(polyamine II)用作第二相分离。该二维色谱不仅简化了复杂的植物样品制备过程，同时也扩大了峰容量增加了灵敏度，还具有高度的正交性(γ<0.2)。这些优势使该方法成功应用于复杂的知母总皂苷体系中共洗脱和微量物质的分离。本实验运用该方法成功的鉴定了31中化合物，包括5种微量化合物和4种甾体类同分异构体。该方法可作为复杂体系不分离分析的研究示范。2.采用微透析采样结合UHPLC/QTOFMS方法检测口服知母总皂苷后大鼠血液循环中未结合成分，这些成分被认为很可能就是知母发挥药效的潜在活性成分。通过精确分子量计算和详细的裂解途经分析，得到包括七种原型成分和六种代谢产物，其中有三种代谢物之前未见报道而在本研究中首次得到鉴别。与传统的生物采样技术相比，微透析技术具有体内直接取样，组织损伤轻，实时监测及样品制备简单等优点。我们的研究证明，微透析取样辅助飞行时间质谱能够有效地在体内同时分析多种有潜在重要生物功能的微量成分。该方法的一些重要的优势包括分析时间短，不出现带同位素标记的化合物，使用简便。本研究可作为中药在哺乳动物体内代谢及药效物质成分筛选重要的研究策略。3.本研究建立了动态微透析采样偶联UHPLC/QTOFMS的方法和基于代谢组学数据处理技术，分析检测口服知母总皂苷(TSA)的大鼠海马微透析液，共鉴定得到10种知母皂苷/代谢产物，并采用半定量的方法实时监测得到了它们在海马中浓度的动态变化。通过比较这些皂苷的药动学参数，发现知母皂苷A-III和脱氢萨尔萨皂甙元因具有更快的吸收，较慢的代谢，更高的峰浓度和更大的血药浓度曲线下面积值，因此可作为药代标示物的候选成分。另外，动物行为学的评价结果也和药动学数据一致，进一步证明了上述两种成分是知母总皂苷(TSA)神经保护作用的生物标志物。本研究表明，基于UHPLC/QTOFMS的代谢组学数据处理方法进行药动学筛选不仅可以用于中药发挥CNS疗效的潜在活性成分研究，也可以帮助我们更好的预测天然产物中新的脑靶标成分。4.尽管近年来对阿尔茨海默症(AD)的发病机理及抗AD药物的研发，但是对于诊断AD及监测药物的资料疗效的生物标志物仍然未知。代谢组学能够提供一种有效的手段有效地发现治疗和诊断的生物标志物，他通过全面系统地分析个体对疾病刺激或者药物干预后个体的代谢物相应。在本文中，使用了GC-MS、HILIC-MS和RPLC-MS的三种手段联合检测手段，用来分析AD相关的代谢物和讲清楚知母总皂苷干预的机理。通过多元统计学分析，一共有21个生物标志物被筛选出来，其中异-肌醇、尿酸和色氨酸能够帮助AD组和对照组进行最大的区分。能量代谢、抗氧化防御系统、神经递质代谢、脂肪酸合成和磷脂在AD组中全部失调，但在给予知母总皂苷后能够部分回调。这些研究工作为寻找AD新的靶标及更有效的治疗药物奠定基础。