随着医疗信息化的推进，我国各医疗机构基本拥有自己的医疗信息系统，但系统之间信息无法沟通，造成医疗信息存储量大，但利用率低的问题。针对这一问题，本文选择本体这一共享概念模型作为医疗数据的表达方式，提出基于本体融合的居民电子健康档案构建方法。首先将医疗数据转化关联数据，然后从关联数据中抽取初始本体，最后融合初始本体，生成居民电子健康档案。本文研究了以下四项内容，并取得了一些研究成果。1)从医疗关系数据库到关联数据的映射规则。通过对医疗数据库的分析，以及对现有医疗领域本体的研究分析，完善了针对诊疗数据的映射规则。2)基于实例网络的本体构建方法在实例网络中用宽度优先的聚类方法将实例进行聚类，以提取本体的概念，并基于“概念是实例的集合”这一原则，用实例集的子集关系来决定概念的父子类关系，构建本体的网状概念层级。3)基于实例相似度的本体融合方法传统的本体融合方法在本体抽象的概念层进行更抽象的信息提取和比较，本文的方法是基于事实的基础，以实例数据为导向，挖掘本体的概念语义。并提出属性语义的概念，运用属性语义在本体的实例层和概念层交替进行补充挖掘，较好地完善概念语义，优化查询结果。最后进行了方法的验证，选取某医院信息系统的部分数据，实现了居民电子健康档案系统。实验结果表明，该方法可以有效地集成诊疗数据生成居民电子健康档案。