建立完善的新疆新型农村合作医疗制度对于建设新疆社会主义新农村、提高农牧民健康水平和促进新疆稳定具有重要意义。新疆是边疆民族地区,其新型农村合作医疗制度经过了一系列的试点工作后,在维护农民权益方面虽然有所成就,为农民减轻了负担,解决了部分实际问题,但仍处于萌芽状态,对这方面的理论研究不够深入,同时在制度运转过程中也存在一些补偿制度不合理、卫生资源供应不足、农民健康保护意识薄弱、缺乏有效的监督机制与法律依据等问题,因此需要加强对新疆新型农村合作医疗制度运行与发展状况的研究力度,探索出一条与当地社会经济发展水平及农民的医疗需求相适应的新型农村合作医疗制度可持续发展道路。根据区域自治政策及中央新疆工作会议的相关精神,边疆建设对社会事业发展的重要性与紧迫性凸显,因此本文在对新型农村合作医疗制度的基本理论等相关内容介绍中,强调了在与国家层面主导的新型农村合作医疗制度的基本制度一致的前提下,应该存在不同区域间具体模式的差异,以实现城乡统一的国民健康保险为最终目标,这是结合各地区实际条件与认识逐步到位以后构建和实施新型农村合作医疗制度的必然选择。随后对新疆实行新型农村合作医疗制度历史、现状及存在的问题做了较为详实的分析与阐述,并在此基础上结合国外农村医疗保障制度的借鉴经验,针对新疆新型农村合作医疗制度中遇到的问题,从筹资机制的科学稳定性、卫生资源供应的数量与质量水平、报销制度的不断完善、民众医疗保险意识的加强、监管机制以及法律规范的建立健全等方面提出了思考和对策。实践分析表明：完善新疆新型农村合作医疗制度,一方面从制度上为农民提供基本医疗保障,减轻农民医疗费用负担,缓解农村因病致贫和看病难问题,另一方面从实践上引导农民进行合理的健康投资,提高健康水平,合理利用农村卫生资源,促进农村卫生事业发展,最终将新疆农村作为全国民族地区或边疆地区新型农村合作医疗制度研究的“试验田”,为促进城乡协调发展以及边疆稳定、社会安定和民族团结提供有力保障。