大学经历了800多年的历史，有其自身的运行规律，而它的运行是在其内部机构设置的基础之上。最初的大学机构设置简单，容易管理；现代大学内部事务丛生，大学内部管理需要设置相应的机构来解决其复杂运行问题。在大学发展过程中，其内部机构设置是如何变迁的?又有哪些规律?目前国内外大学内部机构设置的现状怎样?什么样的机构设置才是符合大学组织本身发展的需要?今天大学规模的发展和大学事务的繁杂及改革的复杂性，越来越需要研究其内部机构设置的特点和规律。 行会、教会和修道院三种社会组织形式孕育并促成了中世纪大学的产生，大学的发展一方面受它最初形成时大学思想的影响，另一方面它也不是铁板一块，而是在与外部政治、经济、文化和科技相互作用中发展。大学组织的动态稳定性要求大学组织既要传承又要不断进行变革：从微观层面看，大学组织的变革必须遵从其内部发展逻辑，即促进高深知识的发展；从宏观层面看，它又必须遵守外部逻辑，在一定程度上满足当时社会政治、经济、文化和科学技术发展的需要；从历史的维度看，大学组织的发展脉络始终围绕其知识创造和知识应用的使命在延续；从现实的维度看，它又在为实现其功能而运行。内部逻辑和外部逻辑的冲突要求大学组织在满足其变革主体的合理诉求时求得二者的协调。 从英国、德国、美国、日本和我国大学组织内部机构演变过程中我们得出以下几点结论：第一，社会和政府都在以不同的方式介入大学组织内部事务管理；第二，大学内部教学科研机构的扩展反映出学科自身的发展和需要；第三，大学组织的内部管理中，“一长制”和“委员会制”普遍存在；第四，大学组织内部架构的形成与大学组织的功能有着密切的联系，完全受制于大学组织使命。大学内部架构就是使命导向下为完成功能而形成的一个实在载体，其机构设置的合理与否决定了组织架构能否完成其应该完成的任务。大学教育思想、大学学术活动、课程模式、外部适应性影响着大学组织内部机构设置。 现代大学组织架构主要有学院制、评议会和教研单位为基础、授权与鉴定加盟式、学群制、多校区、董事会、“双轨制”等七种类型。从大学组织历史发展和现实情境两个维度进行考察发现，在整个大学组织的发展历程中，权力、经济、市场、宗教、文化对于大学组织架构起到过或正在起着重要的作用。不同架构类型之间的不同点包括外部介入大学组织的程度不同、学科组合方式不同、管理机构与教学科研机构设置不同、集权与分权不同；而相同点则表现在大学组织按照上下行机制运行、结构功能协调是现代大学组织运行的基石、大学组织越来越注重外部参与等方面。 所有的组织设计理论都试图从两个向度来理解组织设计：一是功能、结构和机构；二是分工、冲突和协调。组织设计是为了将组织的各种资源加以合理的配置，着重发挥组织中人的能动作用；组织变革则是对现存组织合理性提出质疑，以进行新的组织设计。现代大学组织结构是基于其制衡性、自主性、自律性和传承性等属性基础之上；设计现代大学组织的指向在于人才培养、科学研究和社会服务，而且按照公平、能力、自由和责任所构成的核心价值体系去完成。通过对我国大学组织进行分类研究发现它们之间的共同点体现在：第一，对学术生产力的普遍重视；第二，关注人才培养质量；第三，基于知识的社会服务机构(跨边界机构)越来越受到关注；第四，设置有“双轨”(党委系统和行政系统)管理机构系统；第五，“委员会制”和“一长制”管理制度并存；第六，管理的专业化日趋受到重视；第七，都有相对完善的支持服务性机构系统。差异点包括使命不同、功能不同、组织架构不同。 我国大学组织内部机构设置的依据主要有大学组织使命的确认与认同、大学组织功能的当下表达、组织架构的合理性解读、形成合适的组织机构生成机制。我国大学组织内部机构设置应体现出分工原则、协作原则、资源利用的有效性原则、稳定与灵活原则。在机构设置的价值取向上，我国大学组织内部的学院机构设置当体现出育人取向、科研机构设置体现出学术取向、管理机构设置体现出服务兼效率取向。我国大学组织结构重构的一种设想是在使命起点下组织的功能、结构和机构与分工、冲突和协调两个向度的有机融合。