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禽流感病毒(Avian influenza Virus,AIV)在野生鸟类中广泛分布,特别是野生水禽被认为是禽流感病毒主要的"基因池"。野生鸟类周期性迁徙活动对禽流感病毒的传播具有不容忽视的作用。2014年12月和2015年2月,本研究在湖南东洞庭湖国家级自然保护区采集候鸟新鲜粪便样本921份,共分离得到38株阳性毒株,鉴定亚型包括H9N2、H6N2、H11N8和H12N2四种;宿主包括豆雁、白额雁、鸿雁和罗纹鸭四种,均属雁形目。使用特异性引物对禽流感病毒各基因全长片段进行反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增,产物经二代测序获得基因组全长序列。本文选择来自本研究的一株H6N2亚型豆雁分离株,对其全基因组序列构建进化树,进行遗传进化分析,探讨该毒株的来源及与候鸟迁徙的关系。将H6N2亚型毒株各基因序列翻译成相对应氨基酸序列,进行氨基酸位点分析;同时将各基因序列与GenBank发表的相应序列进行比较并绘制遗传进化树。结果表明:H6N2亚型毒株HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为PQIETR↓GLF,具有典型低致病性禽流感病毒特征;受体结合相关位点第226位为谷氨酰胺Q,228位为谷氨酸G,具禽源禽流感病毒特征;NA蛋白氨基酸序列不具备颈环缺失;核苷酸序列同源分析表明PB2、PA和HA基因同源性最高毒株来自野生水鸟,PB1、NP、NA、M和NS基因同源性最高毒株来自家禽鸭;系统进化树分析表明PB1、PA、HA、NP、NA、M 和 NS 基因属于 Eurasian Gene pool(Group Ⅲ,HN573-like)分支,PB2基因属于Gs/GD-likeH5N1分支,表明本毒株可能由H6N2和H5N1亚型禽流感病毒基因的重组产生。本毒株的N2、PB2、PB1和PA基因与近年新兴并引发家禽疫情的高致病性禽流感病毒H5N8亚型相关毒株在进化树上同列于一个进化分支。综上所述,本毒株为重组H6N2亚型禽流感病毒,基因具野鸟源与家禽源禽流感病毒的遗传特征。结合本研究的流行病学调查结果,说明洞庭湖国家级自然保护区野鸟携带的禽流感病毒具有不同亚型、不同宿主交叉感染特征,加强对该地野鸟禽流感病毒监测将有助于预防和应对新疫情爆发。