本研究采用2011年构建的大鳞副泥鳅混合群体，进行二代测序，获得SNP标记信息，通过PCR-SSCP验证，筛选得到可用的SNP标记；利用筛选的SNP标记对2013年构建的3个大鳞副泥鳅家系进行遗传结构分析，并进行了SNP标记与生长性状相关性分析，为大鳞副泥鳅的分子育种提供一定的技术支撑。主要结果如下：1、基于第二代测序的大鳞副泥鳅SNP标记的开发通过Illumina HiSeq2000测序平台，对两个大鳞副泥鳅样本的转录本进行了高通量测序，其中AB2011M-1是群体中生长较快的10尾鱼的混合转录本，AB2011M-2是生长较慢的10尾鱼的混合转录本。通过对以上两个混合转录本的测序，分别获得了65,536和80,786个SNP突变；对两个测序样本表达差异的比较，获得了39个表达差异基因和72个差异SNP位点。随机选取120个位点（包括72个差异SNP和48个生长相关SNP）设计引物，进行验证分析，共获得16个有效的多态性标记。2、三个大鳞副泥鳅家系遗传多样性分析采用SNP标记分析了3个家系的遗传结构。结果表明：3个家系的有效等位基因数（Ne）为1.8252².0889,平均观测杂合度（Ho）为0.4853⁰.5139，平均期望杂合度（He）为0.4305⁰.4591。平均多态信息含量（PIC）在0.3650⁰.3891之间，3个家系均表现为中度多态，各位点在家系中的遗传分化均值为0.1093。根据遗传距离采用UPGMA法进行聚类分析，家系AB2013JX-27与AB2013JX-81首先聚为一支，然后再与AB2013JX-7聚类，在下一步育种工作中可进行AB2013JX-27与AB2013JX-7家系间交配。3、SNP标记在大鳞副泥鳅混合和家系群体中的关联性分析利用SPSS20.0软件一般线性模型（general linear model, GLM），对不同SNP位点的基因型与大鳞副泥鳅主要生长性状之间的相关性进行最小二乘分析。发现id₆7526和id₅767在两个混合和家系群体中均表现出与生长性状显著的相关性；id₃6734、id₃6725、id₃6735在构建的混合群体中表现出与性状相关联；位点id₆7535、id₉622、id₁14、id₃6726、id₅766在构建的3个家系中表现出了与性状相关联。各位点不同的基因型对性状有显著的增强和削弱作用，根据对目标性状的不同需求，在选择亲本时对相应的基因型进行选择，可提高育种效率。