小黄鱼(Larimichthys polyactis),属硬骨鱼纲,石首鱼科,鲈形目,黄鱼属,小黄鱼种[1],是我国沿海地区重要的经济鱼类之一。本研究以浙江象山(XS)、福建宁德(ND)、江苏吕泗(LS)和山东青岛(QD)这四个地理群体的小黄鱼为研究对象,运用形态框架分析方法对四个地理群体小黄鱼的形态和遗传差异进行了研究。在四个地理群体的基础上增加了浙江象山的养殖群体,基于mt DNA细胞色素氧化酶1亚基(COⅠ)基因,分析这五个地理群体的遗传结构和种质资源多样性。从而有利于小黄鱼种质资源有效管理和可持续开发利用。主要研究结果如下:一、运用单因素方差分析对小黄鱼4个地理群体的33个形态比例性状进行了差异性统计分析。结果显示,在不同地理群体间存在着32个性状差异显著(P<0.05)。由此可以初步得知4个小黄鱼群体存在形态差异。运用主成分分析法对4个小黄鱼地理群体进行分析,筛选出了6个主成分,其累积贡献率为75.17%,结果显示小黄鱼LS、ND和QD群体形态差异相对较小,而三个群体与XS群体的遗传关系较远,初步推断LS、ND和QD群体的遗传分化程度远远小于其与XS群体的遗传分化程度。运用判别分析发现4个群体中,LS群体判别准确率最高,为97.5%,而ND群体判别准确率最低,仅为80.0%。本次研究判别分析的综合判别率高达89.4%,说明各群体间存在的差异较大。二、针对141个采样个体,我们通过对一段长度为773bp的小黄鱼COⅠ基因片段进行扩增和测序,检测到91个变异位点,并确定了77个单倍型。在测定的91个多态位点当中,其中36个简约信息位点,55个单变异位点。五个地理群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.912±0.020和0.00430±0.00032。单倍型多样性介乎0.591±0.104(YZ)-0.976±0.020(XS),核苷酸多样性介乎0.00262±0.00071(YZ)-0.00552±0.00065(XS)。分子方差分析(AMOVA)表明种群内有98.85%的遗传变异。群体间的遗传分化系数(Fst)平均值为0.01150(P>0.05),群体间存在较弱遗传分化。中性检验结果偏离中性,提示小黄鱼群体可能发生过种群扩张事件。