马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是对我国危害最为严重的马铃薯病毒之一,其不仅危害我国马铃薯产业,还对我国的烟草产业也造成巨大影响。作为RNA病毒,其变异性强,目前已经演化出多种株系。PVY不同株系具有不同的抗性,且PVY便宜速度极快,因此,马铃薯产业迫切需要一种能够有效鉴定马铃薯Y病毒株系的方法和PVY的株系群体演化趋势以进行针对性治理。本研究首先选取郑州市场上的马铃薯进行植物总RNA提取,并进行RT-PCR以扩增PVY的RNA序列。测序后通过建立系统发育树的方法进行株系鉴定。其次,本实验选取多种株系鉴定方法进行互相比较和验证,以确定一种最为简便和精确的株系鉴定方法。最后,本次实验通过深度挖掘数据库中大量的我国的PVY病毒序列并对这些序列进行株系鉴定,充分简化实验过程,缩短实验时间,初步探明我国各地区PVY株系演化动态,分析PVY株系演化趋势。首先,以NJ法建立系统发育树和多重RT-PCR技术鉴定PVY-ZZ分离物为PVY~N株系,其次,通过氨基酸变异位点验证、Blast数据库比对以及差异建立系统发育树等方法比较与验证后,确立了以系统发育树为主要鉴定手段的株系鉴定技术,此技术实验操作便捷简单,实验结果准确,可信度高。此技术主要是利用GenBank中已经公布的大量PVY基因序列,通过序列分析探明各地区PVY株系发生情况及株系演化动态,以NJ法建立系统发育树进行株系鉴定为最佳方法;同时,以MP法建立系统发育树对建树结果进行验证可以最大程度的减少株系鉴定时间,降低操作难度。在极个别情况下,会出现无法明确区分株系的图示,此时可以结合血清型氨基酸变异位点分析和BLAST数据库比对的结果对图示进行分析,确定最终株系。最后,本实验发现全国范围内的PVY优势株系为N:O株系,次级优势株系为O株系以及N株系,C株系、NTN株系以及NW株系在我国处于弱势地位。随着时间的变化,N:O株系相比较于其他株系在我国四大种植区均具有良好的演化条件和极强的传播性,逐渐演化为主流株系。