作为一种新兴的生态系统,电子商务生态系统在电子商务行业甚至国民经济的发展过程中起到了积极推动的作用。部分电子商务生态系统(如以新兴网络团购企业为核心的电子商务生态系统)的出现,为电子商务生态系统的注入新元素的同时也带来新的问题。由于商品或服务的质量、价格战争夺市场等原因,部分电子商务生态系统不能有效协调商品或服务供应商、技术服务商、物流企业、消费者等环节之间的问题,致使电子商务生态系统创新活动的失败,使电子商务生态系统的发展陷于困境。因此,探索我国电子商务生态系统协同创新的机理是一个亟须研究的课题。本文选取国内电子商务生态系统的典型代表——以聚划算为核心的电子商务生态系统——为研究对象,运用文献分析法与实证研究,探索电子商务生态系统协同创新的内在机理。本文通过文献分析、实地考察、深度访谈等方式系统收集电子商务生态系统的相关资料,构建电子商务生态系统的概念模型并建立数据库,运用分析软件SPSS21.0对建立的数据库进行分析,探索电子商务生态系统协同创新的构成要素及其与协同创新绩效之间的关系。研究发现：(1)电子商务生态系统协同创新机理是一个复杂的过程,由不同的电子商务企业或组织超越时间或空间的限制,在技术、组织、市场、战略、文化等方面通过资源共享等方式构建的生态系统内以协作的方式进行创新。(2)电子商务生态系统协同创新的各个构成要素不仅对其协同创新绩效产生影响,而且受到协同创新能力和电子商务生态系统特性的影响。(3)技术协同、组织协同、市场协同、文化协同及战略协同对电子商务生态系统协同创新绩效具有显著的影响。其中技术协同、组织协同、市场协同对电子商务生态系统协同创新绩效的财务绩效和产出绩效维度影响显著,组织协同、文化协同、战略协同对电子商务生态系统协同创新绩效的稳定性维度影响显著。(4)通过对以聚划算为核心的电子商务生态系统协同创新机理的研究可以发现,技术协同、组织协同、市场协同可以通过协同创新能力对电子商务生态系统协同创新的绩效产生影响。文化协同、战略协同对电子商务生态系统协同创新绩效的影响并不能通过协同创新能力得以体现。(5)以聚划算为核心的电子商务生态系统的特性对组织协同、市场协同、战略协同影响电子商务生态系统协同创新绩效具有显著的调节作用,对技术协同、文化协同影响电子商务生态系统协同创新绩效的调节作用并不显著。另外,通过对研究提出的15个假设的验证可以发现,技术协同、组织协同、市场协同有利于提高电子商务生态系统协同创新的财务绩效和产出绩效,组织协同、文化协同、战略协同有利于提高电子商务生态系统协同创新绩效的稳定性,在一定程度上揭示电子商务生态系统的核心企业需要关注的焦点。