论文部分内容阅读
目的: miRNAs是一类高度保守的非编码RNA,通过抑制翻译,控制mRNA剪切,促进mRNA降解等手段调控成百个靶基因,在肿瘤的发生发展中都扮演着重要角色。有关miRNA和脑肿瘤关系的研究也越来越多,本课题旨在寻找髓母细胞瘤中差异表达显著的microRNAs(miRNAs),利用生物信息学手段探求其生物学功能,为探明miRNAs调控髓母细胞瘤发生机制及今后研究提供理论指导和实验依据。方法:收集髓母细胞瘤癌组织和癌旁组织标本,采用Exiqon公司的miRNA芯片miRCURYTM LNA Array(v13.0)获得差异表达的miRNAs,对其中差异显著的且未见文献报道的目的miRNA进行定量PCR验证。利用TargetScanHuman在线软件预测该miRNA的潜在靶基因,然后运用GO Tree Machine软件对其靶基因列表进行GO注释聚类以得到这些基因富集的功能范畴,再利用DAVID在线平台预测出靶基因所富集的生物学通路。结果:芯片筛查出在髓母细胞瘤中比对照组上调2倍以上的miRNAs有21个,下调2倍以上的有127个。其中miR-130a经实时定量PCR验证,与芯片结果一致,呈现明显下调。TargetScanHuman 5.1预测了miR-130a的潜在靶基因,得到265个靶基因。采用GO Tree Machine分析靶基因所富集的GO条目,在biological process范畴内,有36个靶基因与神经系统发育有关。由DAVID预测的靶基因富集明显的通路有7条,由DAVID预测出靶基因富集明显的通路,其中,MAPK信号通路, TGF-β信号通路,粘着连接通路,Wnt通路都包含在肿瘤通路条目下,表明miR-130a调控的候选靶基因与癌症的生物学过程紧密相关。值得注意的是,已被实验证明在髓母细胞瘤中发挥重要作用的Ras/MAPK通路也包含其中,并且该通路中的关键基因PDGFRA是miR-130a的靶基因。结论:髓母细胞瘤miRNAs表达谱结果表明多个miRNAs表达发生明显改变,且下调数量明显高于上调数量,其中miR-130a下调尤其显著。生物信息学分析表明miR-130a有着成百个靶基因,分布广泛,多与神经系统发育以及肿瘤发生发展的生物通路有关,且Ras/MAPK通路在髓母细胞瘤中上调,可能是miR-130a下调引起该通路的关键基因PDGFRA表达上调所致。