假基因是与功能基因序列相似,但不能表达为功能蛋白质的DNA序列。假基因曾被认为是一类典型的非编码“垃圾DNA”,而如今人们发现假基因在基因表达调控和基因组进化过程中发挥着要作用。识别和注释假基因是认识基因组的结构功能的关键。三角褐指藻属于海洋硅藻,富含不饱和脂肪酸,目前其全基因组信息已经解析。为了识别三角褐指藻基因组中的假基因,我们采用生物信息学的方法构建了从三角褐指藻的基因组中寻找假基因的流程,得到1654条加工假基因,714条非加工假基因和4729条假基因片段。分析了加工假基因在染色体上的分布、分子进化规律及假基因GC含量的偏好性、染色体长度、对假基因数量的影响。讨论了功能基因的长度与假基因数量的关系,相似性与完整性的关系等。总体来说加工假基因与对应的功能基因非常的类似,其中“真”加工假基因平均完整性为95%,潜在加工假基因的平均完整性为92%。完整性大于90%假基因序列有1000条,约占加工假基因总数的61%。加工假基因在染色体内不分布具有随机性和分散性。但是他们的分布受GC含量的影响,偏好中等GC含量的区域。尽管三角褐指藻属于低等光合生物,其基因组中存在较多假基因及假基因片段。