三疣梭子蟹是我国沿海重要的水产经济动物，为了提高产量，三疣梭子蟹养殖模式呈现多样化式。在养殖生态系统中，微生物与养殖生物的健康生长以及养殖环境状况密切相关。本文结合 T-RFLP技术与克隆技术研究宁波象山港三疣梭子蟹脊尾白虾混养模式下两种不同底质养殖塘以及三疣梭子蟹单养模式下水体细菌、古菌、氨氧化古菌群落的变化，同时检测各个时期养殖塘水体理化因子的变化。结果如下：（1）水体理化因子在不同养殖塘中变化有差异，不同养殖塘水体细菌、古菌以及氨氧化古菌群落分布受环境的影响效应不同。（2）三疣梭子蟹脊尾白虾混养模式下底铺网四周铺砂养殖塘（M1）以及土塘（M2）养殖水体细菌群落主要由变形纲门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、蓝藻门（Cyanobacteria）组成。养殖过程中，水体细菌群落结构发生了显著变化，且不同底质养殖塘水体细菌群落结构变化有显著差异。M1水体由放线菌门主导的群落结构向蓝藻菌门主导的群落结构发展，M2水体由蓝藻菌门主导的群落结构向变形纲门主导的群落结构发展。拟杆菌门在养殖中期含量高于其他时期，且在M2水体中的含量高于M1。M1水体细菌群落由多样性指数高的稳定性结构向多样性指数低的不稳定性结构转变，而 M2水体养殖后期仍保持较高的多样性指数。PCA分析结果显示M2水体细菌群落稳定性大于M1，说明M2水体细菌对季节等环境变化的抵御能力大于M1。相关性分析结果表明温度、透明度、溶解氧、总氮、总磷以及铵氮对养殖塘水体细菌群落的变化影响较大。M1、M2养殖塘水体古菌群落均由泉古菌门（Crenarchaeota）和广古菌门（Euryarchaeota）组成。养殖过程中，水体古菌群落结构发生变化。M1、M2水体古菌群落组成在养殖初期较相似，但随着养殖时间的推移，古菌群落结构组成显著差异。M2养殖水体古菌群落结构随时间变化的差异性大于M1，说明 M2养殖生态古菌群落稳定性低于M1。相关性分析发现多样性指数高时古菌分布受环境的影响较小，两种养殖塘水体古菌分布受总磷的影响较大。M1、M2养殖塘水体氨氧化古菌绝大多数属于Nitrosopumilus Cluster。养殖过程中水体氨氧化古菌群落结构发生明显变化。两种养殖水体氨氧化古菌多样性指数和均匀度指数均在8、9月份时最低，且此时期氨氧化古菌群落分布与铵氮显著相关，说明8、9月份养殖环境比较脆弱，养殖塘水体氨氧化古菌群落分布受铵氮影响。各个时期不同底质养殖塘水体氨氧化古菌群落组成有差异。M2水体氨氧化古菌群落随时间的差异性大于M1，说明 M2养殖生态氨氧化古菌群落稳定性低于M1。（3）三疣梭子蟹单养殖模式下养殖水体细菌群落由变形纲门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、蓝藻门（Cyanobacteria）组成。从养殖初期到养殖结束期群落由蓝藻门主导的结构向变形菌门主导的结构发展，拟杆菌门在养殖中期含量高于其他养殖时期，群落多样性在养殖中期最小，从细菌群落角度反映养殖环境在养殖中期比较脆弱。相关性分析结果显示铵氮对养殖塘水体细菌群落变化影响较大。三疣梭子蟹单养模式下养殖水体古菌由泉古菌门（Crenarchaeota）和广古菌门（Euryarchaeota）组成，泉古菌门含量在养殖后期大于养殖前期，古菌群落多样性在养殖中期最大，且群落结构在养殖中期变化较大。相关性分析结果表明温度、盐度、铵氮以及总氮对养殖水体古菌群落的影响较大。三疣梭子蟹单养模式下养殖水体氨氧化古菌绝大多数由 Nitrosopumilus Cluster组成，群落多样性在养殖中期最小，且群落结构在养殖中期变化较大。铵氮浓度较高时氨氧化古菌多样性较低。综合细菌、古菌以及氨氧化古菌群落的变化发现，养殖中期水体微生物群落的变化最大，因此在养殖过程中应该多关注养殖中期水质的变化。