通过WTO或区域贸易组织来解决贸易争端的方式早已有之。在多边或双边贸易协定中通常都有以某种形式存在的争议解决机制,中国——东盟自由贸易区也不例外。2004年,中国与东盟之间签订了《中国——东盟全面合作框架协议争端解决机制协议》,该协议在区域经济一体化的过程中,对维护经贸秩序,促进交往及保障合作等方面发挥了不可替代的作用。然而,随着经济不断纵深发展,紧随而来的贸易摩擦也愈加增多,在相关争议解决过程中,该协议所构建之仲裁机制的弊端日益凸显。在此背景下,研究该自贸区仲裁制度的现状及存在的主要问题,并提出解决对策,对中国和东盟政治、经济等各方面都具有重大的现实意义。从理论和实践两个层面出发,运用理论分析及综合研究相结合、比较分析与规范分析相结合等方法,从中国——东盟仲裁制度的理论基础入手,简要介绍了该仲裁制度的发展背景,及其对中国和东盟的经济、政治和文化发展所产生的深远影响。然后,通过与其他自贸区中仲裁制度的比较分析,揭示了中国——东盟自由贸易区仲裁制度的准司法性、与WTO管辖权的竞争性及兼容性、契约性及民间性等特点。接着,进一步阐发了该制度中所存的四个主要问题：其一,中国——东盟自由贸易区仲裁制度的管辖权与WTO管辖权之竞合。从理论和实践两个层面入手分析,阐述了两个自贸区之间管辖权竞合的现状,并通过对自贸区管辖权竞合的相关案例的解读,分析得出管辖权竞合的具体成因,其实质是不同条约下的法律冲突。可以运用特殊法优先原则、条约善意遵守原则、先受理法院管辖原则等规定来解决管辖权之竞合；其二,仲裁机构及其成人员。通过对中国——东盟自由贸易区的客观条件及特殊“区情”的研究,中国——东盟自由贸易区没有建立“常设仲裁”及“编制花名册”的现实必要性。同时,中国——东盟自由贸易区仲裁制度中对回避主体的范围应该扩大到其他仲裁主体；其三,仲裁复核制度。为了确保仲裁的公正性,中国——东盟自由贸易区仲裁亟需弥补仲裁复核制度的缺失。其内容具体包括上诉复核机制及复核程序的设立；最后,仲裁执行程序之报复措施。中国——东盟自由贸易区仲裁制度对报复措施的“适当”水平界定不清,交叉报复监督存有漏洞,报复措施审查机制亦存缺漏。