靶向两种人源蛋白质的表征与模拟计算

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蛋白质是构成人体细胞结构的重要组成部分,了解人体内承担各种生命活动的功能蛋白质有助于我们更好探索生命的奥秘,本论文就酶SHMT2(Human Mitochondrial Serine Hydroxymethyltransferase)和鲜味受体 T1R1/T1R3(Taste Receptor Type 1 Member 1/3)这两类蛋白质展开详细的探究。SHMT2酶是一碳代谢途径的重要药物靶标,在多种癌细胞的代谢重编程中发挥重要作用,然而目前尚未描述有效靶向SHMT2的抑制剂。因此,本文建立一套直接靶向SHMT2的系统,即首先利用虚拟筛选的手段,从Specs库的21万种化合物中筛选27出种化合物作为潜在的SHMT2抑制剂,以进行生物活性验证;其次通过建立的SHMT2单酶催化体外抑制动力学体系,快速对27种化合物进行筛选。最终,筛选出三种对SHMT2表现出强效和非竞争性抑制的化合物:AM-807/42004511(IC50=14.52±4.1665 μM),AM-807/40675298(IC50=94.52±5.8991 μM),AM-807/42004633(IC50=9.43±0.5646 μM),为后续靶向 SHMT2更有效抑制剂的设计提供基础。T1R1/T1R3受体结构有助于开发健康安全的新型鲜味剂,然而目前仍没有任何人源T1R1/T1R3精细结构的相关报道,鉴于同源建模则能提供鲜味剂与T1R1/T1R3受体之间相互作用的机制。因此,本论文基于最新模板引入T1R1/T1R3 受体新的增强模型,即以 CaSR(5K5S/5K5T),mGluR1(40R2)和mGluR5(6N52)的晶体结构分别成功构建了 T1R1/T1R3亚基的ECD、7TMD以及单体全长结构域,与mGluR1(1EWK)作为T1R1/T1R3_VFTD优选模板相比,所建模型结构域扩大,且序列同一性也显著提高,该结果为后续基于结构设计与筛选新型鲜味剂提供基础。
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