利什曼原虫种类繁多，他们在流行病学、生物学及感染宿主的临床症状等方面均存在差异。我国不仅存在能对人致病的婴儿利什曼原虫和杜氏利什曼原虫，也存在仅感染动物的利什曼原虫种株，且其宿主和媒介亦具多样性和交差性。同种利什曼原虫不同地域分离株如婴儿利什曼原虫，可导致不同的临床症状。因此，开展对利什曼原虫系统发生的研究不仅有助于利什曼病的分子流行病学研究，也有助于虫株鉴定，对于选择恰当的治疗措施及制定合适的控制策略也非常必要。 本研究通过选用21种单引物对30株有代表性的利什曼原虫分离株进行了简单重复序列间区聚合酶链式反应(ISSR-PCR)扩增，经非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳配合银染方法获得ISSR带谱，共计866条多态性条带，再根据虫株间ISSR带谱的相似程度和相异程度计算出Jaccard相似系数和Nei遗传距离。在此基础上分别构建了UPGMA和Neighbour Joining系统发生树。结果表明这30株虫株可聚类为6组：我国可致人利什曼病的虫株与杜氏利什曼原虫参照株“DD8”为一组；婴儿利什曼原虫参照株“LEM”、硕大利什曼原虫参照株“5AS”、热带利什曼原虫参照株“K27”以及埃塞俄比亚利什曼原虫参照株“L100”为一组；属于Viannia亚属的巴西利什曼原虫参照株“2903”没有与上述属于利什曼亚属的虫株聚在一起，单独为一组；都兰利什曼原虫参照株“3720”与我国新疆克拉玛依和奇台县的以大沙鼠为宿主的都兰利什曼原虫分离株聚为一组；沙鼠利什曼原虫参照株“GER”、新疆克拉玛依白碱滩大沙鼠分离株“K-7”和内蒙古额济纳旗大沙鼠分离株“E154”聚为一组；内蒙古额济纳旗的蜥蜴分离株“LIZ”、新疆克拉玛依阿帕克司白蛉分离株“K-E”和一株甘肃内脏利什曼病病人的分离株“LUO”为一组。此外，对虫株的ISSR特征进行了主成分分析。几种方法的聚类结果与传统的分类方法鉴定结果符合程度相当高，表明此方法可用于虫株的快速鉴定，本研究的结果显示以前未被鉴定的分离株“K-E”、“Q-4"和“E154”分别为蜥蜴利什曼原虫、都兰利什曼原虫和沙鼠利什曼原虫。 本研究阐明了我国利什曼原虫虫株间的亲缘关系，研究结果对我国黑热病防治策略制定有借鉴意义，同时也为快速鉴定利什曼原虫虫株提供了简便有效的方法。