基于单细胞RNA测序分析鉴定前列腺癌患者预后及恩杂鲁胺耐药相关基因

来源 :安徽医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:guannipishiwori
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研究背景和目的:前列腺癌(prostate cancer,PCa)是好发于男性生殖系统的恶性肿瘤,在男性癌症发病率中排名第二。前列腺癌患者的死亡通常与转移、去势抵抗以及耐药性的产生密切相关。尽管随着治疗手段的发展,患者生存率有所提高,但不同患者中前列腺癌的进展存在异质生物学过程,会导致多种不同的临床结局。越来越多的证据表明,前列腺癌组织中小细胞亚群的存在可能导致肿瘤细胞产生耐药性。本研究的目的在于基于单细胞测序技术对前列腺癌耐药细胞进行分析,鉴定出其与亲本细胞中不同的细胞亚群,并对其中的关键基因进行分析。材料和方法:本研究采用前列腺癌非耐药亲本细胞C4-2细胞系进行培养,通过逐渐加量的恩杂鲁胺刺激C4-2细胞系,使其产生耐药性,获得C4-2R细胞系,该细胞株具有恩杂鲁胺耐药的特性。在获取两种细胞系后,进行单细胞RNA测序,分析C4-2R细胞相较于C4-2细胞产生差异表达的基因,并根据基因表达状况将细胞聚类。经过单细胞RNA测序分析,研究者鉴定出耐药相关细胞亚群的关键基因,随后基于公共数据集验证了这些关键基因的的预后预测价值。使用Kaplan-Meier和log-rank分析来鉴定无复发生存率(recurrence-free survival,RFS)相关基因。随后,使用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析来建立每个队列的预测因子。预测因子的预测效能和稳定性通过Kaplan-Meier和对数秩以及受试者操作曲线(Receiver Operation Curve,ROC)分析来确定。所有统计分析均在R软件(R Core Team,Miami,FL,USA)上进行。结果:在448个差异表达基因的聚类之中鉴定出6个细胞亚群,其显示出在之前的研究阶段不曾展现出的与恩杂鲁胺耐药相关的细胞异质性水平。值得注意的是,细胞亚群5体现出了干扰素调节特性,其中许多标记属于干扰素刺激基因家族。在纪念斯隆凯特林癌症研究中心(Memorial Sloan Kettering Cancer Center,MSKCC)数据队列中,标记基因簇与前列腺癌的无复发生存率(recurrence free survival,RFS)相关,是RFS预后的独立指标。同时综合模型和临床病理特征的列线图受试者操作曲线(receiver operation curve,ROC)证明该预后模型能够有效提升当前临床分期系统的准确性和有效性。在11个标记物中挑选了3个生物学功能尚未被充分研究的标记物,并证明了它们在介导癌细胞生长中的作用,这一结果与它们的蛋白质表达结果相一致。结论:基于单细胞测序的方法探讨PCa细胞产生恩杂鲁胺耐药性的相关机制。在研究中还揭示了细胞亚群5展现的干扰素调节特性,同时也是可能导致前列腺癌细胞恩杂鲁胺耐药的重要因素。
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