广西甘薯病毒病的检测及2种病毒(SPFMV和SPLCV)的基因组序列

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在广西南宁、崇左、玉林、北海、河池、桂林市进行甘薯病毒病的调查,发现病害的症状表现为叶片明脉、黄脉、花叶、皱缩、叶缘下卷、褪绿斑点等。所调查的甘薯种植区均发现甘薯病毒病,发病株率10%-80%。采集127个疑似感染甘薯病毒病的甘薯植株样品,利用12对引物通过RT-PCR或PCR检测甘薯病毒的种类,并对扩增产物进行测序和所获序列的Blast分析,结果表明:为害广西甘薯的病毒种类有11种,其中包括10种RNA病毒:甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯G病毒(Sweet potato virusG,SPVG)、甘薯褪绿矮化病毒(Sweetpotato chlorotic stunt virus,SPCSV)、甘薯轻型斑点病毒(Sweet potato mild speakingvirus,SPMSV)、甘薯C病毒(Sweet potato virusC,SPVC)、甘薯褪绿斑病毒(Sweetpotato chlorotic fleck virus,SPCFV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、甘薯脉花叶病毒(Sweet potato vein mosaic virus,SPVMV)、甘薯潜隐病毒(Sweetpotato latent virus,SPLV)、甘薯轻型斑驳病毒(Sweet potato mild mottle virus,SPMMV),和1种DNA病毒:甘薯卷叶病毒(Sweet potato leaf curl virus,SPLCV)。在127个甘薯样品中,上述11种病毒的检测阳性率在5.51%-37.79%之间。  通过RT-PCR及RACE技术克隆了甘薯羽状斑驳病毒广西分离物(SPFMV-GX)的全基因组,SPFMV-GX全基因组核苷酸的长度为10895nt。基因组序列分析表明,SPFMV含有一个开放阅读框(ORF),编码蛋白质的分子量为:383.4kDa。5非编码区116个核苷酸,3非编码区299个核苷酸。将所获得的SPFMV-GX全基因组核苷酸序列在NCBI进行Blast比对,结果显示,SPFMV分离物之间的核苷酸序列的一致性在87.9%-98.4%之间,其中SPFMV-GX与来自西班牙(Spain)的SPFMV-Spain(KU511268)全基因组核苷酸序列一致性最高,为93.3%。用BioEdit对SPFMV-GX全基因组核苷酸序列和SPFMV其他分离物及马铃薯Y病毒属其他成员的全长基因组核苷酸序列共有13个序列进行进化树分析,结果表明SPFMV-GX与SPFMV-Spain关系较近。  通过PCR技术克隆了甘薯卷叶病毒广西分离物(SPLCV-GX)全基因组,SPLCV-GX全基因组核苷酸的长度为2828nt,SPLCV含有6个开放阅读框(ORF),分别编码的蛋白质分子量为:14.5kDa、29.4kDa、40.7kDa、16.7kDa、16.8kDa、9.2kDa。将所获得的SPLCV-GX全基因组核苷酸序列在NCBI进行Blast比对,结果显示SPLCV分离物之间的核苷酸序列的一致性在92.0%-96.8%之间,其中SPLCV-GX与来自中国山东省的SPLCV-Shandong分离物全基因组核苷酸(KF040466)的一致性最高,为96.8%。用BioEdit对SPLCV-GX全基因组核苷酸序列和SPLCV其他分离物的全长基因组序列及菜豆金色花叶病毒属其他分离物的全长基因组核苷酸序列进行进化树分析,结果表明SPLCV-GX与SPLCV-Shandong关系较近。
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