近年来,我国高校教育事业突飞猛进,高校办学规模不断扩大,国家政府对高等教育的关注不断加大,政府投入大量的财政资金支持高校建设项目。为了协调全国教育事业的发展,推进中西部高校的教育事业,使中西部一批本科高校的实力得到较大的提升。2012年,国家推行了中西部高校基础能力建设工程,中央及地方相关部门对高等学校的基础能力建设项目的投资金额不断增加,高校基础能力建设项目专项资金绩效评价是保证高校能够合理运用这些专项资金,优化资金使用结构,从而保障高校教育目标实现的重要途径。现阶段高校基础能力建设项目资金绩效评价指标设定及考核评分,人为干扰因素较多,主观性较强,得到的评价结果参考性有待提高。因此,仍需不断探索和完善适合高校基础能力建设项目专项资金的绩效评价体系。本文在规范分析的基础上使用系统分析法,从实际出发,以高校基础能力建设专项资金为研究对象,分析了目前国内外高校专项资金的研究现状以及存在的问题,进一步阐述了高校基础能力建设项目专项资金绩效评价的研究现状及问题,同时对项目专项资金绩效评价系统进行了优化。在系统分析法的思想下,运用层次分析法厘清了高校基础能力建设项目专项资金绩效评价思路,并改进了项目专项资金的指标体系,确定了绩效评价体系中各指标的指标权重,用科学的方法提高了评价结果的准确性,为高校专项资金的绩效评价方法和评价体系研究提供了一定的借鉴。最后本文以四川省某高校为例,运用层次分析法确定了指标权重和指标体系,通过线性加权型函数进行计算后得到最终的评价结果数值;同时,也运用专家打分法对此高校的基础能力建设项目专项资金进行了绩效评价,将系统分析法和专家评价法的结果进行了对比分析,得出下面的结论:改进后的评价体系通过层次分析法确定的各指标权重更加科学合理,可以看出运用系统分析法得出的评价值,在对高校基础能力建设资金进行绩效评价时,财务资金情况和效益实现情况两个指标的权重更加高,说明在高校基础能力建设项目专项资金绩效评价中这两个指标受到更多的重视。因此在绩效评价中,运用科学的系统分析法所得到的评价更加的科学合理,能为后续评价结果的使用提供更多的参考价值。