当前,与毒品相关的违法犯罪行为继续呈扩散蔓延之势,涉外毒品案件日趋呈内陆化趋势。公安边防部队作为一支执法执勤的队伍,身处禁毒斗争的最前沿,侦办的毒品犯罪案件数量较多。但就目前而言,全国各级边防检查机关所侦办的毒品犯罪案件有的难以及时审结,有的移交到检察院后经常因为证据存在瑕疵而被退回补充侦查或存疑不起诉。而像长沙边检站、张家界边检站这类国家开放口岸,所面临的禁毒形势也越来越严峻,边检机关队伍素质、执法规范化水平等还远远不能适应当前形势。“3·29”走私毒品案件是长沙边检站在所侦办的走私毒品案件中比较具有代表性的案例,本文在归纳并分析本案中犯罪嫌疑人对于走私毒品事实是否“主观明知”、案件主犯的认定以及案件证据运用等争议焦点上,针对当前边检机关在查处毒品走私案件中收集取证及证据运用方面所存在问题提出了一些建议和意见,以供进一步的研究和探讨。