本文以新三板挂牌企业为研究对象,在总结国内外研发投入与企业绩效相关研究的基础上,从时间发展、区域发展、行业发展、转板上市四个维度分析新三板挂牌企业的总体概况,并详细阐述了新三板挂牌企业研发投入现状。为了科学研判新三板挂牌企业研发投入对绩效的影响,本文在收集整理2006年-2013年所有挂牌企业年报数据后,最终选取2009-2013年连续5年披露研发投入的55家挂牌企业的面板数据作为研究样本。鉴于企业绩效指标的综合性较强,为了规避单一指标反映信息不全面的风险,本文通过构建新三板挂牌企业绩效评价指标体系,运用主成分分析方法,计算挂牌企业的综合绩效得分,作为实证研究的被解释变量。对于解释变量,选取研发经费投入强度和研发人员投入强度两个相对量指标反映研发投入情况。为了排除其他因素对挂牌企业绩效的影响,选取企业规模、资产负债率为研究控制变量。依据研究问题,本文提出6个假设,对应建立了相关检验模型。借助Stata 12.0软件,运用面板数据分析中的固定效应模型,进行回归分析,得出以下结论:对于企业当期绩效而言,研发人员的投入对绩效的影响依赖于研发经费的投入,且研发人员投入强度对绩效的影响小于研发经费投入强度;研发经费投入强度对绩效的影响存在滞后性,且滞后期为1。在实证分析的基础上,本文提出了新三板挂牌企业开展研发活动提升自主创新能力的对策建议,以期为挂牌企业提升自主创新能力,借力创新,驱动发展,提供一定的参考。