银杏(Ginkgo biloba L.)区称白果,是国家一级的保护植物,是很典型的中生代孑遗物种,有着“活化石”的称号。我国拥有着大量的银杏资源,各地方都有栽培。广西桂林市的灵川县,兴安县是有名的银杏之乡,这里有大面积的古银杏分布,但是由于现在银杏种子(白果)的市场价格和产量下降,不少老百姓看重眼前小利,将这些古银杏盗卖到其它地方,使得这些资源日益减少。微卫星(SSR)分子标记技术是现在分子标记技术中最具有潜力的分子标记,也是目前最为先进的遗传标记。本研究通过SSR分子标记技术,利用6对引物对桂林地区13个银杏种群进行了遗传多样性分析,并且对比了四川成都,湖北随州洛阳镇,江苏海安县三个外地的样品,所得到的主要结果有：1.这6对引物总共扩增出34个等位基因,平均每个位点等位基因数为5.67个,多态位点百分比为100%。2.34个等位基因中,桂林的样品只含有其中30个等位基囚,有4个等位基因缺失,它们是GB64位点的166bp基因,GB57位点的211bp,203bp,152bp基因。同时还有四个特有的等位基因,表明了桂林地区栽培的银杏与别的地方的银杏的差异性。3.桂林13个种群的等位基因呈现不平衡的现象,除GB65外,各位点均在各地的样品中存在优势等位基因,种质资源分布不均。4.银杏各种群的遗传多样性分析上,桂林13个样地等位基因数从20-29个不等,平均等位基因数是24.92,Shannon信息指数从0.8060--1.3106不等,平均为1.1214,从基因多样度He上面看,桂林13个地方的样品多样度从0.4739--0.7096不等,平均多样度为0.6125。通过比较,桂林的样品表现出比三个外群高的遗传多样性。5.对桂林13地样品的遗传分化分析表明,总的遗传变异中,6.4%的遗传变异来自于种群间,种群内个体的遗传变异为93.6%。利用分子方差变异分析(AMOVA)也同样证明了上述观点。另外与三个外群进行的地区间差异性比较发现,不同地区间的样品出现了较大的遗传分化。6.从等位基因特有性,遗传多样性水平,遗传结构三方面看,保护桂林古银杏资源对于丰富我国银杏的基因库具有极其重要的意义。7.根据以上结果,对桂林地区古银杏资源提出相应的保护策略：鉴于桂林各种群遗传分化不高,并且海洋乡几个村庄富含桂林所有的等位基因,因此重点要保护好海洋乡的古树；可以以海洋乡为基础建立一个银杏主题公园来保护。