本文以不同纤维直径的细毛羊皮肤组织中的毛囊作为实验材料，利用不同的提取方法，不同pH值的IPG胶条以及不同的上样量，探索适用于细毛羊皮肤组织的双向电泳体系，建立细毛羊皮肤组织的2-DE凝胶图谱，挖取差异明显的蛋白点进行质谱鉴定，鉴定肽指纹图谱并在数据库中比对，结合生物信息学知识分析这些差异蛋白与羊毛纤维直径的内在联系，这对提高羊毛品质具有重要的实际意义。本研究主要获得了以下结果：1.比较TCA沉淀法，酚抽提法以及TCA/丙酮法，得出TCA/丙酮法最适合细毛羊毛囊组织总蛋白质的提取。2.选择用pH3-10的IPG胶条分离皮肤组织中的毛囊总蛋白，摸索蛋白点主要集中的范围。实验中使用pH4-7，长度为18cm长的IPG线性胶条，这样有助于将皮肤组织中的毛囊总蛋白在2-DE图像上整体分布开。比较每根胶条样品上样量分别为80μL、100μL、120μL，最后选择上样量为100μL时图谱最清晰。上样量为100μL，选择18cm，pH4-7的线性IPG胶条，得到质量较好的双向凝胶电泳图谱。3.对两岁的超细型、细型细毛羊毛囊蛋白质2-DE凝胶图谱进行分析，检测出其中除差异点7、30、31、34、35出现下调，其余蛋白均为上调。并且从图上可以看出相对于超细型，细型中出现的四个蛋白质均为下调。在下调蛋白中只有差异点7为超细型细毛羊中出现的差异蛋白。对四岁的超细型、细型细毛羊毛囊蛋白质2-DE凝胶图谱进行分析，检测出表达丰度上在2倍以上的38个差异蛋白。其中除差异点36、57、58出现下调，其余蛋白均为上调。这三个差异点均在细型细毛羊中出现。4.不同纤维直径的细毛羊毛囊蛋白质差异比较得到73个质谱鉴定结果以及73套肽质量指纹图谱，在NCBI数据库进行搜索，匹配有意义的蛋白质，进行综合分析，成功鉴定73种不同的差异表达蛋白。不同年龄的超细型细毛羊毛囊蛋白质差异比较得到33个质谱鉴定结果以及33套肽质量指纹图谱，其中有12个与不同纤维直径的细毛羊差异蛋白组重复。本文将94个蛋白质按其主要功能属性划分为8类。