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本文主要介绍了基于Windows Embedded CE6.0嵌入式操作系统作为控制系统的深海海底原位监测系统的硬件平台和软件平台。本系统采用了搭载Windows Embedded CE6.0嵌入式操作系统的ARM嵌入式系统和单片机控制系统，集成了通信接口转换系统，深海数据采集与存储系统，深海浮力系统，深海摄像头子系统，深海平台检测系统，自容式电源控制管理系统。本系统的核心控制系统是ARM嵌入式控制系统，通过串口服务器与各个仪器设备进行通信，保证数据的正常采集与存储。ARM嵌入式控制系统采用了双ARM冗余控制，TCP/IP通信协议，具有异常处理机制，实现了稳定可靠的周期性数据采集与存储。双ARM冗余控制的设计采用基于TCP/IP通信协议的客户端服务器模式，保证系统数据的完整性。ARM嵌入式控制系统与单片机控制系统之间的通信是通过通信接口转换系统完成的。ARM嵌入式控制系统控制单片机控制系统管理系统的自容式电源，对深海数据采集与存储系统进行管理。ARM嵌入式控制系统控制单片机进入低功耗状态，保证系统能够长期的运行。为了更好地实现系统的控制功能，ARM嵌入式控制系统的应用程序采用基于Windows Embedded CE6.0的C++编写。本系统在自容式电源供电的情况下能够长期的运行，这就需要设计电源管统作为系统长期运行的前提。单片机控制系统对整个系统的供电进行管理，保证系统的长期工作。单片机控制系统采用MSP430系列单片机作为控制核心，能够对自容式电源进行有效地管理，确保系统能够周期性的开启和关闭，保证系统长期的运行。本文共分为六个章节，前言部分主要针对国内外的深海海底边界层原位监测技术的现状以及发展做了简单的介绍，并且对系统的投放流程做了大致的描述。第一章介绍了系统的组成，尤其是对系统的硬件组成进行了详尽的介绍。系统的硬件组成包括以下几部分：ARM嵌入式控制系统、单片机控制系统、摄像头子系统、系统平台控制系统、数据采集系统、接口转换系统。第二章介绍了Windows Embedded CE6.0操作系统，详细讲解了Visual Studio2005软件在PC机上的安装，系统的介绍了Windows Embedded CE6.0开发环境在PC机上的搭建和在ARM嵌入式系统上的搭建。第三章讲述了作为核心控制程序的ARM嵌入式系统的控制程序，介绍了MSP430单片机电源管理控制程序和模数转换程序，简单讲解了Qt开发软件，详细描述了Qt开发的上位机界面控制程序的主要通信模块。第四章主要对海洋试验情况做了简单介绍，给出了海试数据。第五章对论文的主要工作进行了总结，对未来系统的改进提出了要求并进行了展望。