LncRNA在MYBPC3基因突变的家族性肥厚型心肌病中的差异性表达及功能分析

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hulan2010
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:1探讨具有MYBPC3基因突变的FHCM患者外周血LncRNA及mRNA的差异性表达;2通过生物信息学分析预测差异表达的LncRNA的生物学功能和信号转导通路在HCM中的作用;方法:1收集2017年10月至2018年10月就诊于福建省立医院心内科家族性肥厚型心肌病患者及其家系,完成临床基本资料收集,通过基因靶向捕获高通量测序技术对家系致病基因进行检测。获得出3个具有MYBPC3基因突变的家族性肥厚型心肌病家系。2通过上海康成生物公司的Arraystar LncRNA 4.0表达谱芯片检测HCM患者和健康对照组外周血浆中的LncRNA的表达水平,确定HCM患者与正常对照组LncRNA与mRNA的差异表达谱,并筛选获得显著差异性表达的LncRNA。3通过对差异表达mRNA的GO分析及KEGG分析,以及构建LncRNA-mRNA共表达网络,对lncRNA进行GO功能注释,预测差异性表达的LncRNA的分子功能机制及可能参与的生物过程及结构组成。4将筛选获得的显著差异性表达的LncRNA通过关联性分析(相关系数≥0.9),获得与其共表达的mRNA,构建共表达网络,预测其靶mRNA,推测可能参与的生物学活动或信息传导通路。结果:1收集3例具有MYBPC3基因突变的家族性肥厚型心肌病患者,其中2个家为变MYBPC3基因c.3624del C杂合缺失变异,家系2为MYBPC3基因c.33693370ins C杂合突变。3个家系中均存在肥厚型梗阻性心肌病患者,并出现晕厥、房颤等提示预后不良的并发症,2个家系中存在猝死的家族史。2通过Arraystar LncRNA 4.0表达谱芯片检测,获得其与健康对照组lncRNA和mRNA差异表达谱数据。共9961条LncRNA表达上调,14333条LncRNA表达下调。其中P<0.05,差异倍数>1.5倍的上调LncRNA 257条,下调LncRNA 263条。共8100条mRNA表达上调,7042条mRNA表达下调。其中P<0.05,差异倍数>1.5倍的上调mRNA 256条,下调mRNA 115条。通过调整P≤0.05,LncRNA长度<3000个核苷酸,并排除未在相关数据库记录的LncRNA,获得显著表达差异的LncRNA12条(NR001566、uc003mxa.3、ENST00000570919、NR028597、NR038946、NR126010、ENST00000607036、ENST00000428769、ENST00000529298、ENST00000558885、ENST00000412153、NR121660)。3对差异表达的mRNA进行GO分析。差异性表达上调的mRNA在分子功能集中在磷酸酶激活、N-乙酰转移酶激活、MHC类受体激活、类固醇激素受体激活等功能上;细胞组分主要定位在细胞器、膜细胞器、细胞质、核质、催化复合体等上;生物过程主要集中在程序性凋亡、磷脂合成、蛋白质乙酰化、细胞白介素-4反应等过程中。差异性表达下调mRNA在分子功能集中蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶激活、长链脂肪酸-Co A连接酶激活、磷酸转移酶激活等功能上;细胞组分主要定位在阳离子通道、染色体、核斑点、跨膜转运复合物等上;生物过程主要集中在叶酸合成、长链脂肪酸-酰基辅酶a合成等过程中。4结果显示差异表达上调的mRNA主要参与Adherens junction、Toxoplasmosis、NF-kappa B signaling pathway、AMPK signaling pathway、Terpenoid backbone biosynthesis、Cell adhesion molecules、Long-term depression、Toll-like receptor signaling pathway等信号通路。差异表达下调的mRNA主要参与cGMP-PKG signaling pathway、Fatty acid biosynthesis、Protein export、Fatty acid degradation、Fatty acid metabolism等信号通路。5筛选出的12个LncRNA通过关联系分析,获得共表达mRNA 181个。通过KEGG pathway分析预测靶mRNA参与Glycerophospholipid metabolism、AMPK signaling pathway、Adherens junction、Long-term depression、Glucagon signaling pathway、Glycosylphosphatidylinositol(GPI)-anchor biosynthesis等信号通路。LncRNA。其中NR001566通过靶mRNA PP2A、PPP1R17参与Long-term depression(hsa04730)通路。结论:1 MYBPC3基因突变的家族性肥厚型心肌病患者存在LncRNA、mRNA的差异表达,获得显著表达差异的LncRNA 12条(NR001566、uc003mxa.3、ENST00000570919、NR028597、NR038946、NR126010、ENST00000607036、ENST00000428769、ENST00000529298、ENST00000558885、ENST00000412153、NR121660)有望成为FHCM的诊断标记物及潜在基因治疗靶点。2 LncRNA NR001566在FHCM可能通过与其共表达的mRNA PPP1R17、PP2A参与的hsa04730通路在心肌肥厚过程中发挥调控作用。
其他文献
目的研究红细胞分布宽度(Red Blood Cell Distribution Width,RDW)与行经皮冠状动脉介入治疗术(Percutaneous Coronary Intervention,PCI)的恶性肿瘤患者预后的相关性。方法
针对遥感图像目标空间范围小、目标多尺度以及遥感图像尺度大导致的目标检测精度低的问题,提出一种适用于高分辨率图像的目标检测框架(Deep-YOLOv3)。首先将大尺度遥感图像切分为416?416图像切片,其次通过卷积神经网络提取输入图像的特征,得到5种尺度特征图;然后将输入图片划分为5种尺度的网格,含目标中心坐标的网格负责预测该目标;最后应用非极大值抑制筛选边界框得到最终检测结果。本文以提高高分辨率
随着社会主要矛盾的变化,十九大报告指出要“打造共建共治共享的社会治理格局”。在庆祝改革开放40周年大会上,习近平总书记又进一步强调社会治理、安定社会秩序,为社会治理
目的:1.探讨足背内侧皮神经及其营养血管的解剖特点,为穿支蒂足背内侧皮神经营养血管皮瓣的设计提供解剖学基础。2.评估第1跖间隙近端穿支蒂皮神经营养血管皮瓣修复前足软组
本论文选定非对称阀控非对称缸式数字液压缸作为研究主体,具体的研究内容如下:建立了考虑滚珠丝杠及反馈螺母螺纹副的接触刚度及阻尼的非对称阀控非对称缸式数字液压缸的复杂传递函数数学模型,并且基于这个复杂传递函数数学模型建立了非对称阀控非对称缸式数字液压缸的控制方块图,并进行了一系列合理的控制方块图简化,得到规范的非对称阀控非对称缸式数字液压缸的简化控制方块图,并利用Simulink验证了化简过程的正确性
水稻是我国最重要的粮食作物,产量和抗性的突破依赖于有利基因的发现和利用。因此,明确现有水稻品种的遗传结构,通过关联分析发掘水稻农艺和产量相关性状优异等位基因,对今后
钢琴套曲《图画展览会》作为俄罗斯作曲家穆索尔斯基的代表作品,在钢琴作品史上占有重要的地位,其作品形式的独创性也是受到广泛音乐人士的关注。本文绪论主要讲述了这首作品的课题来源、研究目的和研究意义,第一章主要阐述了对于穆索尔斯基的生平简介,音乐理念的形成以及创作这首《图画展览会》的背景及风格特点。第二章主要对于这首《图画展览会》的技术特点进行解析并且给出解决的建议。第三章讲述了笔者对于演奏这首《图画展
电化学阻抗型免疫传感器利用工作电极的界面性质变化检测抗体抗原反应。电化学阻抗免疫传感技术不仅使用简单、检测范围广泛、检测快捷、不需要标记示踪物就可以依据试验时间
由于不同种类的昆虫存在体型大小、飞行能力上的差异,它们将采用不同的行为策略来实现迁飞收益最大化。小型昆虫采用单次不间断的迁飞,而大型昆虫不仅采用多个晚上的连续迁飞
"数独"是一项拼图益智游戏,已有200多年的历史。我从对它不了解到渐渐迷上了它,这项数字游戏让我益智健脑,增添了新的乐趣。
期刊